More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0578 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  67.66 
 
 		 278 aa  309  4e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  30.04 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 253 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  30.4 
 
 		 236 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 343 aa  87  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 250 aa  86.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 249 aa  85.9  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  31.8 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 272 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  31.42 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 247 aa  72  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  26.73 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  30.73 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1952  regulatory protein TetR  28.77 
 
 		 241 aa  65.5  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  31.97 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 218 aa  65.5  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3560  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.499755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  26.81 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  40.91 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  28.23 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 281 aa  62  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  25.73 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 263 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4456  transcriptional regulator, TetR family  41.12 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3340  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  30 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1278  TetR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.190846  normal  0.885926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  28.7 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  29.22 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0683  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0129651  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  29.01 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  27.43 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  28.52 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  30.13 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 253 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>