More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2885 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
210 aa  412  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  56.9 
 
 
176 aa  202  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  52.91 
 
 
176 aa  181  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
168 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  40.94 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  39.77 
 
 
182 aa  112  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
173 aa  102  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  41.76 
 
 
173 aa  102  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 
217 aa  101  7e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  41.76 
 
 
170 aa  99.8  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
172 aa  99.4  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
170 aa  97.8  9e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
197 aa  97.8  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  96.3  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  38.73 
 
 
174 aa  96.3  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
233 aa  95.9  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
181 aa  95.9  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  95.5  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  95.5  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  95.5  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  95.5  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  95.5  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 
177 aa  94.4  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  39.41 
 
 
172 aa  93.2  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 
176 aa  93.2  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 
187 aa  92.8  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.69 
 
 
167 aa  92.8  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.59 
 
 
172 aa  92  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 
174 aa  92  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
171 aa  92  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 
171 aa  91.7  7e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 
172 aa  91.3  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
176 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
172 aa  90.1  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 
176 aa  90.1  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
181 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 
177 aa  89.4  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 
182 aa  89.7  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  89.4  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  39.53 
 
 
173 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  39.53 
 
 
173 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  39.53 
 
 
173 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
182 aa  86.3  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
171 aa  86.3  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
176 aa  85.5  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
168 aa  85.5  6e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  29.55 
 
 
176 aa  85.1  7e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
173 aa  85.1  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 
184 aa  85.1  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  32.79 
 
 
186 aa  84.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
172 aa  84  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  27.54 
 
 
167 aa  84.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
176 aa  84.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
176 aa  84.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  40.68 
 
 
176 aa  84  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
184 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 
179 aa  83.2  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  38.52 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  32.24 
 
 
186 aa  81.6  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
171 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  35.68 
 
 
194 aa  81.3  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  22.75 
 
 
169 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
186 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  28.85 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  28.85 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  33.55 
 
 
167 aa  79  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  35.91 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  36.54 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  34.08 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  38.05 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 
167 aa  77.8  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
169 aa  77.8  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 
170 aa  77.4  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 
199 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  23.98 
 
 
174 aa  77  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  31.55 
 
 
169 aa  77  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  31.03 
 
 
177 aa  75.9  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  31.03 
 
 
177 aa  75.9  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.29 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  35.24 
 
 
106 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
204 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>