More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2762 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  100 
 
 		 631 aa  1279    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.67 
 
 		 630 aa  419  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 498 aa  237  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  33.25 
 
 		 531 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 467 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  52.94 
 
 		 347 aa  167  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  52.91 
 
 		 327 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 452 aa  164  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 467 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 467 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  51.76 
 
 		 528 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  52.63 
 
 		 452 aa  161  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  52.98 
 
 		 452 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  52.98 
 
 		 452 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  52.98 
 
 		 452 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.94 
 
 		 768 aa  160  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  50.59 
 
 		 555 aa  160  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 516 aa  159  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  53.57 
 
 		 452 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 492 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 492 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 492 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 327 aa  159  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  53.01 
 
 		 512 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 410 aa  157  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 337 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  51.4 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 492 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 492 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 308 aa  154  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.62 
 
 		 372 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 472 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  40.89 
 
 		 977 aa  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 313 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.58 
 
 		 636 aa  151  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  47.46 
 
 		 494 aa  151  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  48.63 
 
 		 533 aa  150  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.38 
 
 		 1262 aa  150  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  51.52 
 
 		 483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 610 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 503 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 504 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 631 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 362 aa  148  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 466 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 522 aa  148  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  50.93 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 308 aa  148  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  49.69 
 
 		 334 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 344 aa  147  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 453 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 641 aa  147  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 460 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.2 
 
 		 328 aa  147  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 534 aa  147  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  50.83 
 
 		 510 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  50.83 
 
 		 510 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  50.83 
 
 		 510 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 310 aa  146  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 306 aa  146  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  50.92 
 
 		 520 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 492 aa  146  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 327 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.54 
 
 		 334 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  47.64 
 
 		 516 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 338 aa  145  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 521 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 469 aa  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 521 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 521 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 319 aa  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  50 
 
 		 502 aa  145  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 345 aa  145  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 310 aa  145  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 518 aa  145  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.09 
 
 		 334 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  48.09 
 
 		 335 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  50.31 
 
 		 536 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.46 
 
 		 890 aa  144  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 621 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.46 
 
 		 890 aa  144  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 507 aa  144  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 565 aa  144  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 628 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 498 aa  144  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  49.11 
 
 		 1643 aa  144  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.26 
 
 		 320 aa  144  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 492 aa  143  7e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  48.68 
 
 		 531 aa  144  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 334 aa  144  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 628 aa  143  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.24 
 
 		 310 aa  143  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 624 aa  143  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.24 
 
 		 310 aa  143  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.71 
 
 		 649 aa  143  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>