More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1894 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  75.97 
 
 
589 aa  899    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  78.64 
 
 
590 aa  936    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  78.92 
 
 
589 aa  949    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  78.98 
 
 
590 aa  947    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  80.1 
 
 
588 aa  933    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  100 
 
 
587 aa  1182    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  52.31 
 
 
599 aa  553  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.03 
 
 
697 aa  550  1e-155  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  50.51 
 
 
588 aa  546  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  52.17 
 
 
579 aa  529  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.71 
 
 
819 aa  528  1e-149  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.6 
 
 
586 aa  523  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  47.63 
 
 
805 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.63 
 
 
802 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.75 
 
 
584 aa  519  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.86 
 
 
586 aa  521  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.43 
 
 
577 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.01 
 
 
584 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  50.34 
 
 
574 aa  509  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.83 
 
 
738 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.06 
 
 
638 aa  483  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.39 
 
 
602 aa  480  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.03 
 
 
650 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  45.56 
 
 
602 aa  476  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.73 
 
 
672 aa  472  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.53 
 
 
681 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.73 
 
 
672 aa  472  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.19 
 
 
599 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.31 
 
 
619 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.2 
 
 
649 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.05 
 
 
671 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.85 
 
 
666 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.03 
 
 
598 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.29 
 
 
666 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
665 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.44 
 
 
612 aa  463  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.05 
 
 
707 aa  462  1e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.22 
 
 
623 aa  463  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  44.98 
 
 
644 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.54 
 
 
613 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  45.23 
 
 
617 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.71 
 
 
659 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.14 
 
 
610 aa  457  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.81 
 
 
618 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  43.56 
 
 
616 aa  455  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.56 
 
 
623 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.17 
 
 
666 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
718 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.99 
 
 
666 aa  450  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.39 
 
 
616 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.32 
 
 
620 aa  451  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.4 
 
 
623 aa  451  1e-125  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
666 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.55 
 
 
616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.02 
 
 
667 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  43.23 
 
 
746 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.65 
 
 
657 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.23 
 
 
594 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.55 
 
 
616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  43.92 
 
 
698 aa  443  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  41.95 
 
 
656 aa  444  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.92 
 
 
698 aa  444  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.66 
 
 
685 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  42.95 
 
 
616 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.06 
 
 
808 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.7 
 
 
805 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 
855 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.22 
 
 
804 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.35 
 
 
805 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.79 
 
 
619 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  42.44 
 
 
783 aa  438  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.09 
 
 
736 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.21 
 
 
754 aa  434  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.97 
 
 
783 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.61 
 
 
900 aa  434  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.97 
 
 
635 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.72 
 
 
754 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  42.88 
 
 
784 aa  434  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.47 
 
 
797 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.05 
 
 
621 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.05 
 
 
621 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.56 
 
 
801 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  55.74 
 
 
805 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.06 
 
 
781 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.53 
 
 
622 aa  427  1e-118  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.2 
 
 
808 aa  428  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  40.25 
 
 
622 aa  423  1e-117  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.72 
 
 
678 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  40.1 
 
 
677 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  76.21 
 
 
582 aa  414  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.08 
 
 
683 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.49 
 
 
714 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.3 
 
 
668 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.46 
 
 
665 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.87 
 
 
698 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.3 
 
 
696 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.43 
 
 
685 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.57 
 
 
702 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.13 
 
 
590 aa  404  1e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 
684 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>