108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5244 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 422 aa  864    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  38.75 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  38.57 
 
 		 434 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.4 
 
 		 406 aa  160  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.68 
 
 		 412 aa  138  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  35.68 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  28.54 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  28.54 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  27.73 
 
 		 403 aa  99  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  27.73 
 
 		 403 aa  99  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0272  type I restriction endonuclease S subunit  48.42 
 
 		 126 aa  94.4  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  31.72 
 
 		 457 aa  83.2  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 427 aa  83.2  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.47 
 
 		 420 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  32.85 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  25.61 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24.38 
 
 		 423 aa  78.2  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.05 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.72 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.29 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.53 
 
 		 528 aa  70.5  0.00000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.77 
 
 		 435 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.39 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  20.6 
 
 		 416 aa  66.6  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 296 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 425 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  28.93 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  20.09 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 437 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 495 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.23 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  34.96 
 
 		 563 aa  64.3  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  34.92 
 
 		 612 aa  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.96 
 
 		 561 aa  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.84 
 
 		 457 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 		 453 aa  60.8  0.00000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.29 
 
 		 402 aa  60.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.02 
 
 		 411 aa  59.3  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  26.57 
 
 		 381 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.17 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25.52 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  24.8 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.54 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.88 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 429 aa  57  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  28.35 
 
 		 399 aa  57  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  22.86 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.27 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.3 
 
 		 439 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  34.48 
 
 		 287 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.57 
 
 		 436 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  22.95 
 
 		 451 aa  54.7  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 		 433 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  35.4 
 
 		 555 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.68 
 
 		 425 aa  51.6  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.32 
 
 		 456 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  22.11 
 
 		 399 aa  51.6  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  21.78 
 
 		 400 aa  51.2  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.65 
 
 		 490 aa  51.6  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.56 
 
 		 402 aa  51.2  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  24.52 
 
 		 401 aa  51.2  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 457 aa  50.8  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  29.03 
 
 		 501 aa  50.8  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.43 
 
 		 442 aa  50.4  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.43 
 
 		 419 aa  50.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0974  hypothetical protein  26.09 
 
 		 241 aa  49.7  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.33918 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  30.41 
 
 		 482 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.49 
 
 		 422 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.49 
 
 		 474 aa  48.9  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.14 
 
 		 492 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  23.51 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.89 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  26.09 
 
 		 435 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  24.23 
 
 		 404 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.49 
 
 		 387 aa  47.4  0.0005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  22.47 
 
 		 374 aa  47  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.9 
 
 		 426 aa  47  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  30.56 
 
 		 392 aa  47  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  25.18 
 
 		 413 aa  47  0.0007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.9 
 
 		 409 aa  47  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.6 
 
 		 409 aa  46.6  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  22.61 
 
 		 429 aa  46.2  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  23.68 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  22.62 
 
 		 225 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 		 440 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  21.3 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 		 402 aa  45.4  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.68 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 		 454 aa  44.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>