107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3965 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3965  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 201 aa  407  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.396199  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3458  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 		 213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6395  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5054  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.699739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1999  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 219 aa  94.7  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.897874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0885  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 220 aa  88.6  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.126652 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2933  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2659  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144734  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  30 
 
 		 400 aa  49.3  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4466  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 193 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 209 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 209 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2228  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4301  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0628  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 262 aa  46.6  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0323336 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13194  TetR/AcrR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.338711 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 184 aa  47.4  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 207 aa  46.6  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  32.35 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2441  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 193 aa  45.8  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.264842  normal  0.509096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 217 aa  45.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 206 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 190 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03014  putative transcription regulator protein  40.68 
 
 		 216 aa  45.1  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2972  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 207 aa  45.1  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 197 aa  45.1  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3373  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 211 aa  45.1  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 191 aa  44.7  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  43.9  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0194  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2470  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 197 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 203 aa  43.5  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2892  regulatory protein, TetR  34.43 
 
 		 635 aa  43.9  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.794047  normal  0.565465 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  28.74 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5678  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 220 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1404  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 193 aa  43.9  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1310  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000104064  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0593  TetR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 268 aa  43.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.65008  normal  0.136354 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2233  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.749736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 205 aa  42.7  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 226 aa  43.1  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  31.15 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 194 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 225 aa  42.7  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0703  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1823  hypothetical protein  28.24 
 
 		 255 aa  42.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0181821  decreased coverage  0.0000000000816983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 212 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  24.22 
 
 		 214 aa  42.4  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 203 aa  42.4  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0212  transcription regulator TetR/AcrR family protein  31.96 
 
 		 193 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0180  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 193 aa  42.4  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0296493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0183  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 193 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 201 aa  42.4  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 210 aa  42.4  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 263 aa  42.4  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3293  regulatory protein TetR  35.09 
 
 		 208 aa  42.4  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.147599  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 215 aa  42  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 205 aa  42  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5272  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 195 aa  42  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 195 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  24.69 
 
 		 190 aa  42  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 226 aa  42  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1169  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 214 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 203 aa  42  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3614  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 218 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4112  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0592835  normal  0.670519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1469  regulatory protein TetR  37.29 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.520835 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2047  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 188 aa  42  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.199455 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  28.57 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 197 aa  42  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 199 aa  41.6  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 190 aa  41.6  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25250  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 190 aa  41.6  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.862967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  36.54 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  36.54 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>