More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2047 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2047  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 188 aa  375  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.199455 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  64.48 
 
 		 194 aa  251  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3574  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 187 aa  135  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  37.85 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 197 aa  106  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  32.96 
 
 		 196 aa  101  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_0881  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.929355 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0875  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0892  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  36.78 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 186 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  30.05 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
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NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  34.34 
 
 		 278 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_1170  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 193 aa  57  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  57  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  28.36 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
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NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
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NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  32.92 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
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NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
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NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 225 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0897  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_0955  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3816  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0181155  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1601  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1553  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0369  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  25.75 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1725  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1798  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 195 aa  52.4  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 193 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 214 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 192 aa  52.4  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 200 aa  52  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  38.2 
 
 		 219 aa  52  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  29.89 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 216 aa  52  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3236  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0469246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 212 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 200 aa  52  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0803  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 174 aa  52  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 193 aa  51.6  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 203 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 189 aa  51.6  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 196 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
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NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
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NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 238 aa  51.6  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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