More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5004 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 194 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3375  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 196 aa  212  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  47.67 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  45.93 
 
 		 198 aa  162  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 201 aa  144  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5582  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 198 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 199 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3291  TetR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4537  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 197 aa  136  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340013  normal  0.0119033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 		 196 aa  132  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5096  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841888  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 198 aa  114  7.999999999999999e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  34.1 
 
 		 196 aa  102  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0055  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 196 aa  98.2  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.727514  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1013  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 196 aa  98.2  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000810233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3208  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 196 aa  95.5  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000777782  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0042  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 196 aa  95.9  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3448  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 196 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3140  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 196 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.404836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3234  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1893  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0175452  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3453  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0161587  hitchhiker  4.69207e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3487  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.418737  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3462  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00233938  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 208 aa  74.3  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0178  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2508  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2210  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 194 aa  67  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 206 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  27.91 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  25.15 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 206 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0897  TetR family transcriptional regulator  18.29 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0955  TetR family transcriptional regulator  18.29 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3212  transcriptional regulator, TetR family  18.9 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3236  transcriptional regulator, TetR family  18.29 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0469246  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3228  TetR family transcriptional regulator  19.51 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00722998  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0856  TetR family transcriptional regulator  18.29 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.257581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4724  regulatory protein, TetR  25.67 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3194  transcriptional regulator, TetR family  18.29 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
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NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
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NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
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NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_2926  TetR family transcriptional regulator  18.29 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529467  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_2970  TetR family transcriptional regulator  18.29 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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