56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2933 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2933  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 209 aa  425  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1999  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.897874 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3965  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.396199  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2863  hypothetical protein  25.87 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1823  hypothetical protein  24.88 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0181821  decreased coverage  0.0000000000816983 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6395  transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3458  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2659  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144734  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0885  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.126652 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 219 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 227 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 192 aa  47.8  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 209 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 209 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5054  transcriptional regulator, TetR family  21.54 
 
 		 230 aa  45.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.699739 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 190 aa  45.4  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  45.1  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 228 aa  45.1  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0718  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  29.46 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  20.95 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0309  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312076  normal  0.149076 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 192 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0368  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00011837  normal  0.0425 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 190 aa  42.4  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 211 aa  42  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 190 aa  42  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 248 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 226 aa  42  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  33.93 
 
 		 200 aa  42  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  24.48 
 
 		 200 aa  42  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 214 aa  42  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  26.77 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 203 aa  41.6  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 233 aa  41.6  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6717  transcriptional regulator, TetR family  22.93 
 
 		 195 aa  41.2  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.477187  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>