More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4679 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 293 aa  608  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 290 aa  235  7e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  38.66 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 270 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.2 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 270 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 269 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 261 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  34.5 
 
 		 269 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 282 aa  92.4  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 265 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 270 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 267 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 271 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 267 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.69 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 275 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 261 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  22.66 
 
 		 272 aa  87  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 269 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 272 aa  85.9  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  26.89 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  30.8 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 271 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.47 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  26.94 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  30.62 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 340 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.09 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  31.82 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  28.66 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  32.59 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  26.91 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 214 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  29.27 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  38.37 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  37.93 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 301 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  32.26 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 144 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 290 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 335 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 150 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 150 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 150 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  24.71 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  37.38 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  34.07 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 325 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 320 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  34.26 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>