More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmul_3563 on replicon NC_010086
Organism: Burkholderia multivorans ATCC 17616



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
297 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  48.08 
 
 
289 aa  268  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  46.34 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.32 
 
 
294 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.66 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.89 
 
 
292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.92 
 
 
283 aa  175  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.34 
 
 
282 aa  168  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  35.79 
 
 
282 aa  168  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  38.89 
 
 
282 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 
282 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 
282 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  32.06 
 
 
283 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.9 
 
 
288 aa  152  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  36.84 
 
 
295 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  36.47 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.56 
 
 
290 aa  142  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.31 
 
 
281 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.45 
 
 
285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.58 
 
 
293 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.21 
 
 
293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.12 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  36.53 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.54 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.12 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.43 
 
 
290 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.86 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.63 
 
 
279 aa  116  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.46 
 
 
282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.11 
 
 
283 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 
297 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.54 
 
 
283 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.69 
 
 
264 aa  95.9  7e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  41.28 
 
 
278 aa  94.4  2e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.03 
 
 
274 aa  90.1  4e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.82 
 
 
262 aa  87  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  36.75 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  36.75 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  36.75 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.75 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  36.75 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  36.75 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  36.75 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  36.75 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  38.54 
 
 
270 aa  79.7  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  37.74 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  34.53 
 
 
250 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.46 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.23 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.59 
 
 
293 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  31.22 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 
303 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 
263 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  27.23 
 
 
258 aa  63.5  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 
265 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 
273 aa  63.2  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  29.37 
 
 
295 aa  62.8  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.53 
 
 
285 aa  62.4  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  30.29 
 
 
285 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.79 
 
 
272 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  26.24 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.86 
 
 
285 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  28.78 
 
 
268 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  24.77 
 
 
635 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  24.8 
 
 
280 aa  60.5  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  26.64 
 
 
259 aa  60.1  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 
260 aa  59.7  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5812  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 
321 aa  59.7  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  29.03 
 
 
259 aa  59.3  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  25.74 
 
 
254 aa  58.9  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.48 
 
 
293 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.98 
 
 
630 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  25.47 
 
 
262 aa  58.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
262 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  28.23 
 
 
256 aa  58.2  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.71 
 
 
259 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.34 
 
 
270 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  25.85 
 
 
271 aa  57.4  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.98 
 
 
630 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 
287 aa  57  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  26.84 
 
 
260 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.93 
 
 
256 aa  57  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0721  Hydroxypyruvate isomerase  28.63 
 
 
265 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 
260 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  28.28 
 
 
271 aa  57  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  25.44 
 
 
258 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.05 
 
 
310 aa  56.6  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  25.44 
 
 
258 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  26.24 
 
 
261 aa  56.2  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  26.24 
 
 
261 aa  56.2  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  25.44 
 
 
258 aa  56.2  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  27.48 
 
 
326 aa  55.8  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  25.44 
 
 
258 aa  55.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>