More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2976 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  526  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  40.42 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 276 aa  94.7  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 321 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.27 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  28.14 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  24.6 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  26.06 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  24.37 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  24.37 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  23.05 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  22.63 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2084  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  24.88 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  26.8 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  26.8 
 
 		 240 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.29 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2151  two component LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  21.89 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1820  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 216 aa  55.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.677493  normal  0.0923177 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.68 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  21.55 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0749  transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 500 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  22.61 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.19 
 
 		 247 aa  53.5  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 247 aa  53.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 209 aa  53.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  26.63 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  26.63 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  26.09 
 
 		 236 aa  52.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 227 aa  52.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 225 aa  52  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0278  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000789071 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 112 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 236 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 212 aa  50.4  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  43.55 
 
 		 206 aa  50.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2809  regulatory protein, LuxR  36.96 
 
 		 286 aa  49.7  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  43.66 
 
 		 243 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 236 aa  49.7  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 270 aa  49.7  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4194  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  40.62 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0104113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.83 
 
 		 211 aa  49.3  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 213 aa  49.3  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 242 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  31.47 
 
 		 365 aa  48.9  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3589  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 210 aa  48.9  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.993543  normal  0.0443312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 201 aa  48.9  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 231 aa  48.9  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2104  LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 235 aa  48.9  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  44.64 
 
 		 248 aa  48.9  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1373  DNA-binding response regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 238 aa  48.5  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0092  LuxR family DNA-binding response regulator  24.54 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1561  LuxR family DNA-binding response regulator  44.64 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0012725  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1299  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 273 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0170327 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  27.04 
 
 		 241 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 241 aa  48.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 206 aa  48.5  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 246 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0640  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  39.13 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>