More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1299 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1299  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  535  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0170327 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  54.47 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  34.12 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.16 
 
 		 220 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 220 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 220 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 216 aa  125  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.55 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 220 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  32.43 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 220 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 220 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  34.12 
 
 		 220 aa  123  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  32.43 
 
 		 215 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 216 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 220 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 215 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.54 
 
 		 221 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  33.98 
 
 		 220 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  34.25 
 
 		 215 aa  115  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 219 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 219 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 223 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 224 aa  109  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 221 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  35.98 
 
 		 224 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.06 
 
 		 221 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 227 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  32.79 
 
 		 222 aa  105  8e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  32.41 
 
 		 222 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2130  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.73 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 249 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2941  two component LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 251 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80826  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 214 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 219 aa  99.4  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4192  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.89 
 
 		 251 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.270399  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4850  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.57 
 
 		 257 aa  98.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.0399542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0290  response regulator receiver protein  31.89 
 
 		 210 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2408  two component LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 219 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426941  normal  0.882432 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 		 216 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  31.52 
 
 		 211 aa  97.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 218 aa  97.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  32.68 
 
 		 213 aa  96.7  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  31.52 
 
 		 209 aa  97.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 221 aa  96.3  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 230 aa  95.9  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  33.86 
 
 		 213 aa  94.7  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  31.4 
 
 		 218 aa  95.1  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 209 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 212 aa  94  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 224 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0091  two component LuxR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 218 aa  92.8  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2614  two component LuxR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 222 aa  92.8  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  30.28 
 
 		 219 aa  92.4  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 215 aa  92.4  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  31.5 
 
 		 215 aa  92  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  31.23 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0261  two component LuxR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 210 aa  90.9  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.574059  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.37 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 221 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 221 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3140  two component LuxR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 220 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.803361  normal  0.270175 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 208 aa  89.7  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 217 aa  89  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 228 aa  89  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 232 aa  89  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 218 aa  89  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.28 
 
 		 209 aa  89  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2882  two component LuxR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 226 aa  88.6  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.533901  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2061  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.07 
 
 		 224 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 220 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1528  two component LuxR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0620794 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 221 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 240 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  32.03 
 
 		 214 aa  87  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 253 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 217 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  41.41 
 
 		 217 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>