More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0641 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 389 aa  792    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  79.3 
 
 		 390 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  54.08 
 
 		 389 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 		 399 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  50.81 
 
 		 388 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  55.16 
 
 		 388 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  47.27 
 
 		 389 aa  380  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  47.67 
 
 		 401 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 		 389 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 		 395 aa  362  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 		 391 aa  359  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  46.85 
 
 		 390 aa  343  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  44.81 
 
 		 379 aa  322  9.000000000000001e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 		 390 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  41.14 
 
 		 407 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  41.25 
 
 		 389 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  42.08 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  41.1 
 
 		 381 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  41.21 
 
 		 396 aa  297  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  39.16 
 
 		 390 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 		 376 aa  291  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  36.81 
 
 		 391 aa  290  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 		 398 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  40.63 
 
 		 386 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  37.24 
 
 		 390 aa  272  8.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  37.73 
 
 		 395 aa  262  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  40.82 
 
 		 399 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  37.7 
 
 		 387 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  33.94 
 
 		 393 aa  236  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 		 392 aa  182  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 		 395 aa  182  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 390 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 		 387 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.21 
 
 		 402 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  30.92 
 
 		 402 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 390 aa  169  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 397 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 394 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.21 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 390 aa  159  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  27.66 
 
 		 395 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  27.23 
 
 		 406 aa  153  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 395 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  29.97 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 392 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  27.73 
 
 		 392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 413 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 414 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 401 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 390 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 		 392 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.7 
 
 		 393 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 390 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  27.35 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.48 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  26.03 
 
 		 390 aa  99.8  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 400 aa  99.4  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 		 396 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 391 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  25.77 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 386 aa  97.4  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1110  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.84 
 
 		 134 aa  94.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  23.58 
 
 		 416 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 390 aa  93.2  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.51 
 
 		 376 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.55 
 
 		 399 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 		 425 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 		 387 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 390 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 382 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  25.58 
 
 		 406 aa  87.8  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 		 423 aa  87  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>