More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4821 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 416 aa  850    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0667  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  41.24 
 
 		 423 aa  300  4e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 413 aa  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  26.19 
 
 		 390 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 395 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  27.84 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 387 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 395 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 390 aa  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 395 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 387 aa  106  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 398 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 392 aa  106  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  26.36 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 395 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 401 aa  103  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  24.86 
 
 		 396 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 410 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 390 aa  96.7  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25.93 
 
 		 402 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 395 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 394 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 		 391 aa  94  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 388 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 389 aa  93.6  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  24.3 
 
 		 390 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 388 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 390 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  25.21 
 
 		 402 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 		 399 aa  90.5  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  24.86 
 
 		 387 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 384 aa  89.7  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  26.98 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 437 aa  88.6  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  26.67 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  24.74 
 
 		 381 aa  85.5  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 379 aa  82.8  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.4 
 
 		 382 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 		 389 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 382 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 		 426 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 392 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  22.34 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 		 423 aa  73.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  21.96 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  23.47 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  23.21 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  24.93 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 387 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.75 
 
 		 396 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 395 aa  69.7  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  21.87 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  27.54 
 
 		 391 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  22.26 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  24.53 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.72 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  24.28 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1557  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  23.54 
 
 		 441 aa  67  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 426 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>