More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1513 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  69.44 
 
 		 302 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  57.97 
 
 		 305 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.1 
 
 		 300 aa  315  6e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.98 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  44.56 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 455 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 310 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.18 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.97 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 324 aa  205  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.14 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  37.98 
 
 		 312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  40.65 
 
 		 318 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 312 aa  199  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  39.14 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 338 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 917 aa  183  3e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 317 aa  180  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  38.67 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.19 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  36.82 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.02 
 
 		 455 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  37.5 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.91 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  35.15 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.54 
 
 		 316 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 461 aa  171  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 		 1499 aa  167  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.93 
 
 		 457 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 434 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3542  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.66 
 
 		 590 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.45 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.54 
 
 		 457 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  37.96 
 
 		 344 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 434 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 434 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 941 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 539 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  34.34 
 
 		 466 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 457 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.45 
 
 		 457 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 		 593 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 		 593 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.05 
 
 		 458 aa  159  6e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 457 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.07 
 
 		 457 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 454 aa  158  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 457 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  35.12 
 
 		 454 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  40.98 
 
 		 456 aa  157  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  34.31 
 
 		 460 aa  156  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  34.03 
 
 		 329 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  56.72 
 
 		 346 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 509 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.55 
 
 		 457 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35.88 
 
 		 457 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>