More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4303 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  100 
 
 		 817 aa  1655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  41.49 
 
 		 815 aa  619  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  41.4 
 
 		 865 aa  615  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  42.04 
 
 		 845 aa  598  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.73 
 
 		 834 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  41.8 
 
 		 856 aa  582  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  41.4 
 
 		 845 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  42.07 
 
 		 837 aa  567  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  41.9 
 
 		 846 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  40.5 
 
 		 863 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 882 aa  561  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.48 
 
 		 843 aa  556  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  39.91 
 
 		 867 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  39.48 
 
 		 848 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  39.45 
 
 		 853 aa  550  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.75 
 
 		 813 aa  546  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  39.08 
 
 		 888 aa  546  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  39.49 
 
 		 833 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 901 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.83 
 
 		 822 aa  543  1e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.25 
 
 		 895 aa  545  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.35 
 
 		 883 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  39.14 
 
 		 818 aa  543  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.27 
 
 		 893 aa  544  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 832 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  37.96 
 
 		 851 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  39.49 
 
 		 833 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.51 
 
 		 881 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 833 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.39 
 
 		 868 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.65 
 
 		 882 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 837 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 868 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  39.98 
 
 		 837 aa  534  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  39.69 
 
 		 840 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.9 
 
 		 886 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.95 
 
 		 900 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 871 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 		 825 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.33 
 
 		 846 aa  523  1e-147  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.02 
 
 		 911 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 864 aa  522  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  39.24 
 
 		 847 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 866 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  37.32 
 
 		 914 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.99 
 
 		 940 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  37.59 
 
 		 847 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.95 
 
 		 825 aa  509  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  36.83 
 
 		 927 aa  505  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  35.98 
 
 		 913 aa  501  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.12 
 
 		 936 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.12 
 
 		 936 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  37.77 
 
 		 927 aa  502  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  36.32 
 
 		 914 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 930 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.35 
 
 		 932 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.08 
 
 		 866 aa  482  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.82 
 
 		 954 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.65 
 
 		 861 aa  456  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.75 
 
 		 872 aa  436  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 855 aa  437  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.52 
 
 		 871 aa  436  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 896 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.04 
 
 		 847 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  39.29 
 
 		 644 aa  419  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.43 
 
 		 902 aa  415  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.33 
 
 		 896 aa  416  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.88 
 
 		 877 aa  411  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  40.14 
 
 		 658 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  39.97 
 
 		 918 aa  392  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  37.8 
 
 		 658 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.26 
 
 		 684 aa  378  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  36.03 
 
 		 656 aa  366  1e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  36.85 
 
 		 683 aa  362  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  34.92 
 
 		 651 aa  347  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  36.69 
 
 		 939 aa  346  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.47 
 
 		 815 aa  342  1e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  36 
 
 		 651 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 1001 aa  331  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.64 
 
 		 534 aa  328  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.3 
 
 		 949 aa  325  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  28.57 
 
 		 646 aa  278  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.65 
 
 		 797 aa  246  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.52 
 
 		 737 aa  238  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.18 
 
 		 789 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.34 
 
 		 477 aa  225  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  40.73 
 
 		 301 aa  223  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.88 
 
 		 495 aa  221  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  34.91 
 
 		 816 aa  219  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 766 aa  219  2e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.15 
 
 		 831 aa  213  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  32.57 
 
 		 763 aa  212  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.14 
 
 		 657 aa  211  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  41.18 
 
 		 343 aa  211  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.21 
 
 		 292 aa  209  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.42 
 
 		 298 aa  208  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.13 
 
 		 336 aa  207  5e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.57 
 
 		 354 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  32.32 
 
 		 758 aa  205  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.94 
 
 		 758 aa  206  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>