232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3167 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  100 
 
 		 406 aa  833    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 392 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.72 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  24.5 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 390 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 389 aa  97.1  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 375 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 285 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.01 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 106 aa  86.7  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 399 aa  86.7  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 385 aa  86.3  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  21.93 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  25 
 
 		 404 aa  83.2  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 362 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  28.68 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 349 aa  74.7  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.06 
 
 		 398 aa  72.8  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 379 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 358 aa  70.1  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 438 aa  66.2  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 271 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.36 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  35.29 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.1 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 323 aa  57  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1291  response regulator receiver protein  25 
 
 		 585 aa  56.2  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.655637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 338 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 331 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 274 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 290 aa  55.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 529 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 269 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 357 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 335 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3028  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 558 aa  54.7  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.360206  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 355 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 546 aa  54.3  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  27.72 
 
 		 274 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 295 aa  53.9  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 791 aa  53.9  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 775 aa  53.5  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 231 aa  53.1  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 231 aa  53.1  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 231 aa  53.1  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 231 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0632  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 327 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0334632 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  32.94 
 
 		 231 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  53.1  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 331 aa  52.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 571 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3553  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 		 558 aa  52.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.566587  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 274 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.4 
 
 		 301 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 316 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.04 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 531 aa  51.6  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 1121 aa  51.2  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  31.4 
 
 		 307 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  50.8  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  50.8  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 329 aa  50.4  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 301 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 373 aa  50.4  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>