91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3503 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  65.74 
 
 
761 aa  1041  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  64.55 
 
 
756 aa  1029  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  100 
 
 
754 aa  1541  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  50.07 
 
 
864 aa  691  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  76.79 
 
 
753 aa  1239  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  71.45 
 
 
757 aa  1134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 
786 aa  468  1e-130  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
793 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
798 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  28.99 
 
 
798 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 
798 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 
798 aa  256  1e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.8092e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
866 aa  254  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  1.55765e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  4.16662e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.21546e-05  unclonable  2.40632e-10 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
835 aa  249  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
798 aa  248  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.35152e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
882 aa  235  2e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
836 aa  220  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
814 aa  211  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
812 aa  202  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.86767e-06  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  24.88 
 
 
959 aa  198  4e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 
870 aa  178  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  26.27 
 
 
831 aa  172  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
798 aa  163  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 
875 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 
923 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 
838 aa  110  7e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
879 aa  104  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 
815 aa  99  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  6.17894e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  22.28 
 
 
797 aa  60.1  2e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1058  TonB-dependent siderophore receptor  27.16 
 
 
728 aa  57  1e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0962342  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  21.85 
 
 
703 aa  55.8  3e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 
718 aa  55.5  4e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 
783 aa  54.3  8e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
751 aa  52.8  2e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  8.75615e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  22.03 
 
 
666 aa  52.4  3e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  31.88 
 
 
791 aa  51.6  6e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 
791 aa  51.6  6e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 
943 aa  51.2  8e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 
737 aa  51.2  8e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
742 aa  50.4  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
734 aa  49.7  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.43 
 
 
715 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  24.3 
 
 
804 aa  50.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 
786 aa  49.3  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  23.92 
 
 
714 aa  48.9  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 
711 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
694 aa  48.9  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 
720 aa  48.5  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 
792 aa  48.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 
694 aa  48.5  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  22.9 
 
 
673 aa  47.8  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25 
 
 
749 aa  47.8  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  3.58025e-10  decreased coverage  1.02915e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
774 aa  47.8  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.51 
 
 
667 aa  47.4  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 
702 aa  47.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  20.96 
 
 
784 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
764 aa  47.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 
789 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.57 
 
 
718 aa  46.6  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 
705 aa  46.6  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  31.97 
 
 
768 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  2.79609e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  27.54 
 
 
708 aa  46.2  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  33.33 
 
 
960 aa  46.2  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 
759 aa  46.6  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 
708 aa  46.6  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 
623 aa  46.2  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 
710 aa  46.6  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
974 aa  46.6  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  24.54 
 
 
803 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  31.97 
 
 
763 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.16306e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  31.97 
 
 
720 aa  46.6  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.10688e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 
743 aa  45.8  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 
758 aa  45.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
719 aa  45.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  24.7 
 
 
725 aa  45.4  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  34.13 
 
 
992 aa  45.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.14339e-05  unclonable  1.38215e-08 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 
716 aa  45.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  28.36 
 
 
714 aa  45.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 
728 aa  44.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
1013 aa  45.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
984 aa  44.7  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  1.0552e-05  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
627 aa  44.7  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
773 aa  44.7  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 
724 aa  44.3  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 
809 aa  44.3  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.58 
 
 
705 aa  44.3  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  21.45 
 
 
769 aa  44.3  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  27.21 
 
 
707 aa  44.3  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>