106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3963 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 812 aa  1634    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  43.26 
 
 		 798 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  43.39 
 
 		 798 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  43.39 
 
 		 798 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  43.26 
 
 		 798 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  42.09 
 
 		 798 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  42.09 
 
 		 798 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  42.09 
 
 		 798 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  42.14 
 
 		 798 aa  597  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  42.21 
 
 		 814 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  37.47 
 
 		 882 aa  528  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 836 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  32.47 
 
 		 875 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 838 aa  285  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 866 aa  258  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 835 aa  234  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  27.59 
 
 		 864 aa  214  7e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 753 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 793 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 754 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  26.22 
 
 		 756 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 786 aa  194  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 757 aa  191  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 923 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  25.56 
 
 		 959 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 761 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 798 aa  167  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 815 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 870 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  25.47 
 
 		 831 aa  131  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 879 aa  107  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  26.61 
 
 		 668 aa  62.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  26.99 
 
 		 829 aa  56.6  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  25.54 
 
 		 753 aa  55.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  28.09 
 
 		 747 aa  52  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 747 aa  52.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  28.09 
 
 		 747 aa  52.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  28.09 
 
 		 747 aa  52  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  28.09 
 
 		 747 aa  52  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  28.09 
 
 		 745 aa  52  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  27.17 
 
 		 726 aa  52  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  32.18 
 
 		 729 aa  52  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  31.76 
 
 		 752 aa  51.2  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  25.08 
 
 		 740 aa  50.8  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  27.66 
 
 		 750 aa  50.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  24.77 
 
 		 653 aa  50.4  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 665 aa  50.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 763 aa  49.7  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4217  outer membrane ferripyoverdine receptor  27.95 
 
 		 812 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  23.9 
 
 		 906 aa  49.3  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.71 
 
 		 685 aa  48.9  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 757 aa  48.9  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 782 aa  48.9  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  31.18 
 
 		 747 aa  48.5  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  31.18 
 
 		 747 aa  48.5  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.99 
 
 		 656 aa  48.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 716 aa  48.1  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 783 aa  48.1  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 697 aa  48.1  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 742 aa  47.8  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  24.22 
 
 		 656 aa  47.8  0.0008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.21 
 
 		 701 aa  47.8  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 767 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  28.41 
 
 		 719 aa  47.4  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 757 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  25.55 
 
 		 732 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1139  TonB-dependent siderophore receptor  27.52 
 
 		 736 aa  46.2  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0074  heme receptor HutR  32.05 
 
 		 713 aa  47  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0136209  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  23.98 
 
 		 655 aa  46.2  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  25.71 
 
 		 665 aa  47  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3585  ferrichrome receptor precursor protein  36.52 
 
 		 718 aa  47  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.885271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 702 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 702 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  28.78 
 
 		 634 aa  45.8  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 702 aa  45.8  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5745  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 691 aa  45.8  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000026559  normal  0.448154 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  23.71 
 
 		 661 aa  45.4  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  29.45 
 
 		 740 aa  45.4  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24.26 
 
 		 641 aa  45.4  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  23.67 
 
 		 663 aa  45.4  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  23.67 
 
 		 663 aa  45.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 699 aa  45.4  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  26.47 
 
 		 665 aa  45.4  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  23.67 
 
 		 663 aa  45.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  23.67 
 
 		 663 aa  45.4  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  26.47 
 
 		 665 aa  45.4  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  26.47 
 
 		 665 aa  45.4  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  23.67 
 
 		 663 aa  45.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.67 
 
 		 659 aa  45.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  23.67 
 
 		 663 aa  45.4  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.7 
 
 		 653 aa  45.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  30 
 
 		 747 aa  45.1  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 780 aa  44.7  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2121  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 722 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0440064  normal  0.552205 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11443  ferrichrome-iron receptor  28.04 
 
 		 792 aa  45.1  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.601841  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.57 
 
 		 663 aa  44.7  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 820 aa  44.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  27.87 
 
 		 802 aa  44.7  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  22.84 
 
 		 656 aa  44.7  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 713 aa  44.7  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>