91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3503 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 754 aa  1541    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  50.07 
 
 		 864 aa  691    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  76.79 
 
 		 753 aa  1239    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  64.55 
 
 		 756 aa  1029    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  65.74 
 
 		 761 aa  1041    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  71.45 
 
 		 757 aa  1134    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 		 786 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 793 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 798 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  28.99 
 
 		 798 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 798 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 798 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 866 aa  254  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 798 aa  250  9e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 835 aa  249  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 798 aa  248  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 882 aa  235  2.0000000000000002e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 836 aa  220  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 814 aa  211  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 812 aa  202  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  24.88 
 
 		 959 aa  198  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 870 aa  178  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  26.27 
 
 		 831 aa  172  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 798 aa  163  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 875 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 923 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 838 aa  110  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 879 aa  104  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 815 aa  99  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  22.28 
 
 		 797 aa  60.1  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1058  TonB-dependent siderophore receptor  27.16 
 
 		 728 aa  57  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0962342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  21.85 
 
 		 703 aa  55.8  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 718 aa  55.5  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 783 aa  54.3  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 751 aa  52.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  22.03 
 
 		 666 aa  52.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 		 791 aa  51.6  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  31.88 
 
 		 791 aa  51.6  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 943 aa  51.2  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 737 aa  51.2  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 742 aa  50.4  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.43 
 
 		 715 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  24.3 
 
 		 804 aa  50.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 734 aa  49.7  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 786 aa  49.3  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  23.92 
 
 		 714 aa  48.9  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 711 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 694 aa  48.9  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 720 aa  48.5  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 		 792 aa  48.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 694 aa  48.5  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  22.9 
 
 		 673 aa  47.8  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 749 aa  47.8  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 774 aa  47.8  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.51 
 
 		 667 aa  47.4  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 702 aa  47.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 789 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 764 aa  47.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0838  TonB-dependent receptor  20.96 
 
 		 784 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543074 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  31.97 
 
 		 768 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000279609  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 		 759 aa  46.6  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.57 
 
 		 718 aa  46.6  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  27.54 
 
 		 708 aa  46.2  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 974 aa  46.6  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 623 aa  46.2  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 705 aa  46.6  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  33.33 
 
 		 960 aa  46.2  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 710 aa  46.6  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  24.54 
 
 		 803 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 708 aa  46.6  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  31.97 
 
 		 763 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000216306  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  31.97 
 
 		 720 aa  46.6  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000210688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 		 743 aa  45.8  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 758 aa  45.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 719 aa  45.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  24.7 
 
 		 725 aa  45.4  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  34.13 
 
 		 992 aa  45.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 716 aa  45.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 728 aa  44.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 1013 aa  45.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  28.36 
 
 		 714 aa  45.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 627 aa  44.7  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 984 aa  44.7  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 773 aa  44.7  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 809 aa  44.3  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 		 724 aa  44.3  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.58 
 
 		 705 aa  44.3  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  21.45 
 
 		 769 aa  44.3  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  27.21 
 
 		 707 aa  44.3  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>