131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3957 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  100 
 
 
870 aa  1784    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  40.12 
 
 
835 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  27.07 
 
 
959 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
866 aa  258  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
793 aa  256  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 
923 aa  254  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 
786 aa  214  7.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  25.89 
 
 
864 aa  204  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  24.13 
 
 
756 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  27.68 
 
 
831 aa  192  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  24 
 
 
753 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  24 
 
 
879 aa  185  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 
761 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
798 aa  184  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
754 aa  179  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
798 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
798 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  26.87 
 
 
798 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 
798 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 
757 aa  169  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  35.18 
 
 
814 aa  169  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 
836 aa  168  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 
798 aa  166  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 
882 aa  164  7e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 
798 aa  161  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 
798 aa  161  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 
798 aa  161  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 
812 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 
875 aa  116  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
815 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
838 aa  110  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 
688 aa  56.2  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  21.43 
 
 
691 aa  55.5  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  24.36 
 
 
743 aa  55.1  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3317  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
816 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  28.5 
 
 
705 aa  54.7  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
700 aa  54.3  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 
780 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
737 aa  53.1  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  24.58 
 
 
729 aa  53.1  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  24.48 
 
 
741 aa  53.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 
763 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  21.03 
 
 
643 aa  53.1  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
713 aa  52.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1495  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 
662 aa  52.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0440927  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  25.87 
 
 
666 aa  52.4  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 
760 aa  51.6  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  24.79 
 
 
737 aa  50.8  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  21.71 
 
 
685 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  22.92 
 
 
779 aa  49.7  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  25 
 
 
693 aa  50.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  24.36 
 
 
707 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.32 
 
 
623 aa  50.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1678  TonB-dependent siderophore receptor  22.18 
 
 
830 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463262  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  28.33 
 
 
768 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25 
 
 
723 aa  49.7  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  24.36 
 
 
767 aa  49.3  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 
715 aa  48.9  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4135  ferrioxamine B receptor precursor protein  26.35 
 
 
726 aa  48.9  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156472  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 
716 aa  48.9  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 
717 aa  48.9  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
715 aa  48.9  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  24.36 
 
 
749 aa  48.5  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  25.17 
 
 
727 aa  48.5  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  25.87 
 
 
656 aa  48.5  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 
713 aa  48.9  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
703 aa  48.5  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 
649 aa  48.5  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.95 
 
 
667 aa  48.5  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  26.81 
 
 
703 aa  48.1  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  31.58 
 
 
738 aa  48.5  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  26.58 
 
 
721 aa  48.1  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  30.97 
 
 
740 aa  47.8  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  30.09 
 
 
748 aa  48.1  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  30.09 
 
 
748 aa  48.1  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  27.45 
 
 
693 aa  47.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 
722 aa  47.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
790 aa  47.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  25.49 
 
 
813 aa  47.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  24.24 
 
 
708 aa  47  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 
797 aa  47  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 
757 aa  46.6  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  28.19 
 
 
701 aa  46.6  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  30.7 
 
 
742 aa  46.2  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  30.7 
 
 
742 aa  46.6  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
772 aa  46.6  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  30.7 
 
 
749 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.53 
 
 
631 aa  46.6  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  21.43 
 
 
808 aa  46.6  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 
653 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.38 
 
 
631 aa  46.2  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1449  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 
822 aa  46.6  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 
828 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
702 aa  45.8  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3803  TonB-dependent receptor, plug  22.17 
 
 
807 aa  45.8  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 
684 aa  46.2  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  29.82 
 
 
737 aa  46.2  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  22.69 
 
 
623 aa  46.2  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 
653 aa  46.2  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0160  outer membrane receptor protein  23.53 
 
 
740 aa  45.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>