More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0914 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  100 
 
 		 409 aa  825    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  45.85 
 
 		 383 aa  317  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  49.18 
 
 		 388 aa  315  8e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  43.06 
 
 		 373 aa  295  1e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  46.13 
 
 		 374 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  46.77 
 
 		 377 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.19 
 
 		 387 aa  289  7e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  43.82 
 
 		 380 aa  280  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  43.48 
 
 		 398 aa  278  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  43.32 
 
 		 395 aa  278  2e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  45.17 
 
 		 408 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  45.6 
 
 		 377 aa  276  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.65 
 
 		 385 aa  275  9e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.88 
 
 		 349 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.88 
 
 		 349 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  43.92 
 
 		 377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  45.68 
 
 		 363 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  44.44 
 
 		 349 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  41.69 
 
 		 396 aa  272  7e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  44.57 
 
 		 374 aa  272  7e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  41.69 
 
 		 396 aa  272  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  41.84 
 
 		 394 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  41.49 
 
 		 389 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  43.24 
 
 		 413 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  47.34 
 
 		 357 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  44.14 
 
 		 407 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  46.02 
 
 		 342 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  46.11 
 
 		 365 aa  263  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  46.02 
 
 		 342 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  40.62 
 
 		 408 aa  260  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  42.79 
 
 		 409 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  41.79 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  42.38 
 
 		 366 aa  257  3e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  39.75 
 
 		 387 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  42.78 
 
 		 370 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  45.36 
 
 		 364 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  43.49 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  42.78 
 
 		 423 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  39.36 
 
 		 388 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.5 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  41.42 
 
 		 349 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  42.35 
 
 		 360 aa  236  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  41.08 
 
 		 364 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  41.96 
 
 		 357 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  40 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.17 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  38.9 
 
 		 358 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  39.3 
 
 		 373 aa  211  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  39.66 
 
 		 348 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  38.9 
 
 		 369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  38.9 
 
 		 362 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  40.63 
 
 		 356 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  38.25 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.43 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  38.2 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  38.25 
 
 		 357 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  36.19 
 
 		 357 aa  179  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  35.03 
 
 		 360 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  38.25 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  37.08 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  38.63 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  37.7 
 
 		 357 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  38.03 
 
 		 368 aa  176  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  37.2 
 
 		 348 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  37.7 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  38.95 
 
 		 361 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  33.78 
 
 		 375 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  36.83 
 
 		 362 aa  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  36.52 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  32.98 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  32.28 
 
 		 376 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  38.06 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  40.64 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.54 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  36.59 
 
 		 361 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  31.73 
 
 		 390 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  35.11 
 
 		 373 aa  166  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  32.58 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0782  alanine racemase  32.63 
 
 		 374 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.804762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  35.64 
 
 		 364 aa  163  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  36.31 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  35.87 
 
 		 367 aa  162  9e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  35.5 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  32.56 
 
 		 396 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  34.83 
 
 		 373 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  29.84 
 
 		 389 aa  159  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  33.43 
 
 		 357 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  33.88 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  32.35 
 
 		 390 aa  158  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  34.55 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  34.55 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.33 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  34.27 
 
 		 373 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1711  alanine racemase  34.19 
 
 		 381 aa  156  7e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.169003  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  31.51 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  28.57 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  31.59 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>