More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4371 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  93.78 
 
 		 402 aa  750    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 402 aa  813    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  59.95 
 
 		 393 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  62.84 
 
 		 390 aa  478  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  60.93 
 
 		 390 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  60.83 
 
 		 387 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  57.58 
 
 		 397 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  61.5 
 
 		 389 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  57.65 
 
 		 395 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  60.66 
 
 		 392 aa  451  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  61.64 
 
 		 394 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 		 387 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  57.5 
 
 		 390 aa  442  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  58.06 
 
 		 395 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  56.38 
 
 		 390 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  58.89 
 
 		 406 aa  427  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  54.91 
 
 		 395 aa  421  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  53.79 
 
 		 395 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  52.42 
 
 		 392 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  52.3 
 
 		 395 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  53.76 
 
 		 392 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  35.95 
 
 		 395 aa  230  4e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  37.89 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  36.27 
 
 		 389 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 		 399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  37.24 
 
 		 396 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  39.04 
 
 		 398 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 388 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 		 410 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  35.99 
 
 		 401 aa  208  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  37.64 
 
 		 390 aa  205  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 		 391 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  33.62 
 
 		 390 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  34.3 
 
 		 389 aa  200  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 389 aa  199  7.999999999999999e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  36.53 
 
 		 386 aa  196  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  34.13 
 
 		 390 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 		 391 aa  193  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  35.1 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 		 379 aa  187  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  37.5 
 
 		 387 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 390 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 		 379 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  34.51 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 		 395 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  34.01 
 
 		 395 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 413 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 		 390 aa  169  7e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  33.16 
 
 		 392 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 		 414 aa  166  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 		 376 aa  164  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  32.15 
 
 		 392 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 397 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 		 399 aa  160  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  30.39 
 
 		 393 aa  159  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 		 390 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  31.76 
 
 		 392 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 		 391 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 399 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 		 390 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 		 426 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  31.92 
 
 		 391 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  31.74 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  30.66 
 
 		 392 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  31.14 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 384 aa  144  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 		 390 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.77 
 
 		 399 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.86 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 		 401 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 		 413 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  32.13 
 
 		 406 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 425 aa  135  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 398 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 445 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 437 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 381 aa  113  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>