More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2993 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  54.15 
 
 		 929 aa  1021    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 		 948 aa  646    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  42.42 
 
 		 1040 aa  726    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 966 aa  1972    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  35.22 
 
 		 958 aa  506  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 958 aa  505  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.99 
 
 		 969 aa  455  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  32.08 
 
 		 961 aa  410  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 946 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 907 aa  369  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 935 aa  364  4e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 1020 aa  364  4e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 		 951 aa  360  6e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 907 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 965 aa  354  5e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 966 aa  350  6e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 957 aa  350  7e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 966 aa  348  4e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 		 967 aa  345  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 947 aa  336  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 924 aa  334  4e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 		 912 aa  332  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 944 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 		 969 aa  327  7e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 976 aa  322  3e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 935 aa  317  9e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 869 aa  312  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 976 aa  308  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 1007 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 1007 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 938 aa  304  6.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 914 aa  303  9e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 		 838 aa  301  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  30.43 
 
 		 853 aa  297  6e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  28.39 
 
 		 966 aa  296  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 897 aa  294  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 1007 aa  293  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 901 aa  293  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 841 aa  292  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 853 aa  292  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 873 aa  291  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 873 aa  290  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 842 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  28.12 
 
 		 1007 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 855 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 939 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  29.99 
 
 		 853 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 981 aa  286  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  29.99 
 
 		 853 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  29.99 
 
 		 853 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 1028 aa  284  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 920 aa  284  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 964 aa  283  9e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 953 aa  283  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 843 aa  281  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  28.7 
 
 		 839 aa  281  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 904 aa  280  6e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 855 aa  278  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 904 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 987 aa  276  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 904 aa  275  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 836 aa  273  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 935 aa  273  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 935 aa  273  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 935 aa  273  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 904 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 940 aa  270  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 930 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 1015 aa  263  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 944 aa  262  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 922 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 930 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 930 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  28.31 
 
 		 936 aa  259  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 998 aa  257  8e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 937 aa  254  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 933 aa  247  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  30.53 
 
 		 709 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 855 aa  244  6e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 852 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 1009 aa  241  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 824 aa  240  8e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 817 aa  240  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 871 aa  239  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 869 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 847 aa  234  5e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 952 aa  234  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 910 aa  233  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 861 aa  232  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 861 aa  233  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 861 aa  232  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 861 aa  232  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 861 aa  231  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 875 aa  230  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 1088 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 861 aa  230  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 857 aa  227  9e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 956 aa  225  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  26.83 
 
 		 914 aa  224  6e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 886 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>