More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2072 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 786 aa  1596    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  72.57 
 
 		 790 aa  1160    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1483  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 754 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1198  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 754 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211844 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0440  TonB-dependent receptor, putative  31.38 
 
 		 734 aa  352  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1540  TonB-dependent receptor, putative  30.93 
 
 		 730 aa  350  8e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0676  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 756 aa  347  4e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.102109  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1997  TonB-dependent receptor, putative  29.63 
 
 		 741 aa  345  2e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1253  TonB-dependent receptor, putative  29.33 
 
 		 740 aa  332  2e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0080071  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0160  outer membrane receptor protein  30.56 
 
 		 740 aa  327  5e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0369  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 782 aa  322  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2061  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 742 aa  293  9e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.302386  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 729 aa  231  3e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 736 aa  196  1e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 799 aa  126  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3467  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 285 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1199  hypothetical protein  31.27 
 
 		 398 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00052926 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1484  hypothetical protein  31.27 
 
 		 398 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 747 aa  106  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  21.82 
 
 		 760 aa  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 828 aa  97.1  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0510  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 798 aa  93.2  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426482  hitchhiker  0.00139676 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2585  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 790 aa  85.5  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0776775  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 841 aa  84  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 765 aa  81.3  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 766 aa  80.5  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  25.17 
 
 		 768 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2134  TonB-dependent receptor plug  29.24 
 
 		 781 aa  80.5  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.682313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 786 aa  78.6  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 777 aa  76.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 753 aa  75.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 792 aa  74.3  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 746 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  28.57 
 
 		 729 aa  73.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 768 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 781 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 781 aa  71.2  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 772 aa  70.1  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 815 aa  69.7  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 835 aa  68.2  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  28 
 
 		 829 aa  67.8  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 796 aa  67  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 777 aa  67.4  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  26 
 
 		 760 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 797 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 794 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  28.49 
 
 		 727 aa  65.5  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 791 aa  65.1  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 762 aa  64.3  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  24.49 
 
 		 696 aa  63.5  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 780 aa  63.9  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  32.76 
 
 		 716 aa  63.5  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 820 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 736 aa  63.9  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  26.51 
 
 		 701 aa  62.8  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 742 aa  62.4  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  34.07 
 
 		 703 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  27.46 
 
 		 797 aa  62.4  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  26.69 
 
 		 705 aa  62  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1495  TonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 792 aa  61.6  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  24.16 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 810 aa  61.2  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02852  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 808 aa  61.6  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 768 aa  61.2  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1139  TonB-dependent siderophore receptor  25.89 
 
 		 736 aa  60.8  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  26.56 
 
 		 753 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 747 aa  60.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  25.66 
 
 		 752 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.43 
 
 		 766 aa  59.7  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 795 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 784 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  25.65 
 
 		 779 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 791 aa  58.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  21.39 
 
 		 710 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  21.39 
 
 		 706 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  29.52 
 
 		 797 aa  58.2  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2654  TonB-dependent siderophore receptor  25.45 
 
 		 757 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0434213 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 621 aa  57.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  28.48 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  28.48 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  28.48 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 764 aa  57  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4489  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 785 aa  57  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1610  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 733 aa  57  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 		 828 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 717 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 791 aa  57.4  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  29.09 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 		 748 aa  57.4  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2147  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 760 aa  57  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  28.48 
 
 		 745 aa  57  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  28.48 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 		 828 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  28.48 
 
 		 747 aa  57  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  29.09 
 
 		 747 aa  56.6  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4121  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 785 aa  57  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.922703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  26.7 
 
 		 815 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1381  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 742 aa  56.2  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00176773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>