More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2585 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2585  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 790 aa  1613    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0776775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3410  TonB-dependent receptor  55.58 
 
 		 781 aa  894    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02852  TonB-dependent receptor  57.46 
 
 		 808 aa  954    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4420  TonB-dependent receptor  43.53 
 
 		 762 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1495  TonB-dependent receptor  40.24 
 
 		 792 aa  532  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879614 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 791 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3415  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 792 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 766 aa  190  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2636  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 747 aa  175  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942188 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1945  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 738 aa  170  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2302  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 738 aa  170  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4483  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 768 aa  164  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02512  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 777 aa  162  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4625  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 753 aa  155  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.175039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2269  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 772 aa  137  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2634  TonB-dependent receptor plug  22.98 
 
 		 814 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 765 aa  107  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  26.96 
 
 		 768 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2385  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 799 aa  101  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03673  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 768 aa  99.4  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2543  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 796 aa  96.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  25.46 
 
 		 778 aa  89.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1484  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 777 aa  87.8  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0940  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 780 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2072  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 786 aa  84.7  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.516649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 835 aa  84.7  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2519  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 782 aa  82.4  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131105 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0957  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 790 aa  77.8  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 746 aa  77.4  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1876  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 815 aa  77  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0562721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 		 713 aa  76.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 794 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 736 aa  73.9  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 820 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  26.43 
 
 		 809 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0702  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 729 aa  71.6  0.00000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  26.19 
 
 		 809 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04406  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.5 
 
 		 766 aa  69.7  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2832  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 768 aa  69.7  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3229  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 768 aa  69.7  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  25.89 
 
 		 809 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0089  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 699 aa  69.3  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.26085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  25.36 
 
 		 809 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4698  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 828 aa  68.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0913  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 786 aa  68.6  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0111103  normal  0.947577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 747 aa  67.4  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  26.21 
 
 		 715 aa  66.6  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 680 aa  65.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1440  TonB dependent, hydroxamate-type ferrisiderophore, outer membrane receptor  26.07 
 
 		 699 aa  65.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453975  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 700 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  24.16 
 
 		 828 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  24.1 
 
 		 797 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.04 
 
 		 806 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.1 
 
 		 706 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  27.41 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  23.21 
 
 		 760 aa  64.3  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  27.41 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 700 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 700 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  24.28 
 
 		 779 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  25.19 
 
 		 705 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 693 aa  63.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 789 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 711 aa  62.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  26.05 
 
 		 705 aa  63.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  22.33 
 
 		 810 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 700 aa  62.4  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 721 aa  62.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0458  ferrichrome-iron receptor  24.52 
 
 		 696 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000766311 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0404  ferrichrome-iron receptor  24.52 
 
 		 696 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000262521 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 815 aa  61.6  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  25.75 
 
 		 711 aa  61.6  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3042  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 841 aa  61.6  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 715 aa  60.8  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 714 aa  60.8  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 700 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 721 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0676  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 756 aa  60.1  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.102109  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2636  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 776 aa  59.7  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  27.85 
 
 		 697 aa  59.7  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  22.55 
 
 		 696 aa  59.3  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  32.05 
 
 		 729 aa  58.5  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 705 aa  58.9  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  32.05 
 
 		 729 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  26.7 
 
 		 736 aa  58.5  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  21.43 
 
 		 760 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  25.97 
 
 		 797 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  23.32 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0395  ferrichrome-iron receptor  24.19 
 
 		 696 aa  58.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.458077  hitchhiker  0.000000000000143872 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0416  ferrichrome-iron receptor  24.19 
 
 		 696 aa  57.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345861 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  24.11 
 
 		 721 aa  57.8  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0398  ferrichrome-iron receptor  24.19 
 
 		 698 aa  57.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  30.77 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  26.91 
 
 		 769 aa  57.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  26.53 
 
 		 810 aa  57  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 728 aa  57.4  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>