More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2999 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2999  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  480  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.03228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  54.05 
 
 		 220 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0679  TetR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 207 aa  168  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 215 aa  92  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 215 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  29.36 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  24.42 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  24.26 
 
 		 201 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  25.12 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  34.1 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  24.24 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 228 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6035  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  26.02 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  23.47 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 221 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 188 aa  53.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 191 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 202 aa  52.8  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  35.15 
 
 		 203 aa  52.4  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 207 aa  52.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 207 aa  52.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 210 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 224 aa  52  0.000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_5770  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 201 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.805337 
 
 
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NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  32.54 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 540 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 205 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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