More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1623 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  100 
 
 
810 aa  1599    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.87 
 
 
854 aa  666    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1337  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.45 
 
 
543 aa  402  9.999999999999999e-111  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1349  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.26 
 
 
543 aa  398  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.143474  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1618  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.09 
 
 
532 aa  333  7.000000000000001e-90  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.72 
 
 
643 aa  324  5e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.84 
 
 
661 aa  314  3.9999999999999997e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.24 
 
 
672 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.45 
 
 
677 aa  295  2e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.4 
 
 
676 aa  294  5e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  32.03 
 
 
686 aa  293  7e-78  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.15 
 
 
694 aa  280  9e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  29.54 
 
 
705 aa  275  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  30.62 
 
 
687 aa  269  2e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.62 
 
 
672 aa  266  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  30.42 
 
 
678 aa  265  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.32 
 
 
654 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  34.36 
 
 
720 aa  259  1e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  32.68 
 
 
577 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  32.78 
 
 
557 aa  255  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  32.35 
 
 
630 aa  253  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  30.97 
 
 
562 aa  250  6e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  32.22 
 
 
573 aa  249  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1336  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  50.36 
 
 
275 aa  249  2e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00511601  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  31.68 
 
 
644 aa  247  6e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  34.36 
 
 
575 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  31.3 
 
 
539 aa  246  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1350  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  49.27 
 
 
275 aa  245  3e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.118021  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  34.68 
 
 
579 aa  243  9e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  33.54 
 
 
578 aa  243  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  32.99 
 
 
586 aa  243  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  32.03 
 
 
570 aa  242  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  31.29 
 
 
596 aa  242  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  30.81 
 
 
599 aa  241  2.9999999999999997e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  31.42 
 
 
577 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  30.09 
 
 
593 aa  241  4e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  33.13 
 
 
568 aa  240  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  33.13 
 
 
568 aa  240  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  33.13 
 
 
568 aa  240  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  30.66 
 
 
586 aa  239  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  31.07 
 
 
611 aa  237  5.0000000000000005e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  31.72 
 
 
574 aa  237  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  32.14 
 
 
584 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  31.74 
 
 
663 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  29.69 
 
 
604 aa  236  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  32.49 
 
 
598 aa  235  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  31.51 
 
 
584 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  32.11 
 
 
574 aa  235  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  31.51 
 
 
584 aa  235  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  33.41 
 
 
597 aa  234  3e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  31.48 
 
 
609 aa  234  5e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0127  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
551 aa  234  5e-60  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  31.89 
 
 
570 aa  233  1e-59  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  32.92 
 
 
573 aa  232  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  29.8 
 
 
811 aa  231  4e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  31.06 
 
 
591 aa  229  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  33.98 
 
 
472 aa  228  5.0000000000000005e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  29.66 
 
 
561 aa  225  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  30.09 
 
 
558 aa  226  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  30.09 
 
 
558 aa  226  2e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  30.87 
 
 
588 aa  224  4e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  29.62 
 
 
561 aa  223  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  28.65 
 
 
560 aa  223  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  32.37 
 
 
608 aa  223  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  31.32 
 
 
591 aa  222  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  30.08 
 
 
592 aa  221  5e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  30.77 
 
 
559 aa  220  7.999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  30.25 
 
 
551 aa  219  1e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  30.43 
 
 
555 aa  219  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  28.14 
 
 
555 aa  219  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  30.02 
 
 
619 aa  219  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  29.55 
 
 
556 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  30.26 
 
 
589 aa  217  8e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  33.48 
 
 
482 aa  217  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  28.41 
 
 
561 aa  217  9e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  31.63 
 
 
569 aa  216  9e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0694  RNA binding S1 domain protein  30.67 
 
 
554 aa  216  9.999999999999999e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  30.27 
 
 
591 aa  216  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  30.32 
 
 
598 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 
592 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  32.27 
 
 
566 aa  214  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  28.41 
 
 
561 aa  213  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  29.83 
 
 
586 aa  213  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  29.31 
 
 
595 aa  212  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  26.53 
 
 
553 aa  212  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  27.12 
 
 
570 aa  212  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  27.68 
 
 
556 aa  212  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  28.65 
 
 
573 aa  211  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  30.41 
 
 
563 aa  211  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  27.2 
 
 
556 aa  211  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  30.41 
 
 
563 aa  211  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_012039  Cla_1190  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
517 aa  211  5e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  29.36 
 
 
558 aa  211  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  30.7 
 
 
504 aa  210  7e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  27.02 
 
 
556 aa  210  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  28.99 
 
 
558 aa  210  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  29.65 
 
 
567 aa  209  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0402  30S ribosomal protein S1  31.78 
 
 
567 aa  210  1e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  29.17 
 
 
571 aa  210  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  32.26 
 
 
561 aa  208  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>