More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0129 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  61.83 
 
 		 599 aa  738    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  79.39 
 
 		 591 aa  923    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 586 aa  1175    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  57.71 
 
 		 595 aa  675    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  59.72 
 
 		 644 aa  714    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  55.67 
 
 		 606 aa  655    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  77.03 
 
 		 619 aa  925    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  55.72 
 
 		 598 aa  634  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  53.77 
 
 		 630 aa  627  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  50.6 
 
 		 611 aa  603  1.0000000000000001e-171  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  49.81 
 
 		 720 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 592 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  49.81 
 
 		 588 aa  541  9.999999999999999e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  48.16 
 
 		 592 aa  536  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 591 aa  537  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  49.14 
 
 		 589 aa  533  1e-150  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  48.5 
 
 		 591 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  49.23 
 
 		 586 aa  527  1e-148  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  41.74 
 
 		 596 aa  456  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  40.88 
 
 		 557 aa  449  1e-125  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  40.37 
 
 		 593 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  46.23 
 
 		 570 aa  445  1e-123  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  39.72 
 
 		 577 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.61 
 
 		 573 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  42.88 
 
 		 568 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  42.88 
 
 		 568 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  42.88 
 
 		 568 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  40.5 
 
 		 577 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  40.18 
 
 		 574 aa  437  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  40.42 
 
 		 579 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 584 aa  434  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  43.33 
 
 		 584 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 584 aa  435  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  45.39 
 
 		 574 aa  431  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  41.95 
 
 		 578 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  39.93 
 
 		 575 aa  426  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  37.78 
 
 		 609 aa  428  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  39.58 
 
 		 570 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  40.5 
 
 		 604 aa  425  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 586 aa  422  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  40.37 
 
 		 559 aa  425  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  42.4 
 
 		 562 aa  420  1e-116  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  38.73 
 
 		 563 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  40.29 
 
 		 573 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  38.73 
 
 		 563 aa  405  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  39.6 
 
 		 608 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 558 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  42.06 
 
 		 597 aa  399  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  39.19 
 
 		 560 aa  402  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 589 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  38.64 
 
 		 559 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 570 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  37.08 
 
 		 568 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  39.45 
 
 		 560 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  37.98 
 
 		 576 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  37.66 
 
 		 561 aa  395  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 576 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  37.08 
 
 		 568 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 570 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  39.88 
 
 		 557 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  37.98 
 
 		 576 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  38.17 
 
 		 576 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  37.91 
 
 		 559 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 		 562 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  38.25 
 
 		 562 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  37.97 
 
 		 556 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 		 564 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  37.48 
 
 		 557 aa  395  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  38.56 
 
 		 560 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 		 564 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  38.85 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  37.91 
 
 		 559 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  37.52 
 
 		 571 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  39.29 
 
 		 557 aa  392  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  38.9 
 
 		 577 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  39.86 
 
 		 570 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  38.9 
 
 		 571 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  38.25 
 
 		 562 aa  392  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  38.43 
 
 		 560 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 		 562 aa  391  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 558 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  40.38 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 		 573 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 		 555 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  42.11 
 
 		 555 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 558 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  40.62 
 
 		 556 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  39.31 
 
 		 570 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  38.73 
 
 		 566 aa  385  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  38.64 
 
 		 555 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  39.22 
 
 		 569 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>