More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0235 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  74.22 
 
 		 593 aa  858    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  88.56 
 
 		 577 aa  1042    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  89.02 
 
 		 574 aa  1033    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  54.22 
 
 		 596 aa  640    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  84.97 
 
 		 570 aa  950    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 577 aa  1157    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  75.04 
 
 		 575 aa  854    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  52.21 
 
 		 573 aa  629  1e-179  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  53.53 
 
 		 604 aa  625  1e-178  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  53.06 
 
 		 584 aa  595  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  52.89 
 
 		 584 aa  590  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  52.04 
 
 		 584 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  48.32 
 
 		 568 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  48.85 
 
 		 578 aa  564  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  48.32 
 
 		 568 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  48.32 
 
 		 568 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  50.09 
 
 		 579 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  50.75 
 
 		 574 aa  559  1e-158  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  48.93 
 
 		 608 aa  560  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  52.13 
 
 		 586 aa  558  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  50.37 
 
 		 573 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  44.85 
 
 		 609 aa  530  1e-149  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  47.8 
 
 		 573 aa  523  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  47.58 
 
 		 561 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  49.16 
 
 		 561 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  45.01 
 
 		 569 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  45.01 
 
 		 569 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  47.21 
 
 		 557 aa  512  1e-144  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 559 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  45.6 
 
 		 559 aa  509  1e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 556 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  45.55 
 
 		 571 aa  505  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  46.49 
 
 		 559 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 558 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  46.49 
 
 		 559 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 558 aa  505  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.46 
 
 		 557 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 558 aa  505  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  48.03 
 
 		 555 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 556 aa  504  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 558 aa  505  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  45.67 
 
 		 559 aa  503  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  46.42 
 
 		 570 aa  505  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  46.73 
 
 		 556 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  48.02 
 
 		 570 aa  498  1e-140  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 555 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 560 aa  498  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 555 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 555 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  48.47 
 
 		 557 aa  499  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 555 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  47.92 
 
 		 555 aa  500  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  48.07 
 
 		 558 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  48.12 
 
 		 555 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  48.07 
 
 		 558 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  46.89 
 
 		 555 aa  498  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  46.72 
 
 		 561 aa  498  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  45.31 
 
 		 556 aa  496  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  46.4 
 
 		 560 aa  497  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  45.41 
 
 		 560 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  48.21 
 
 		 555 aa  497  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  47.23 
 
 		 561 aa  496  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 555 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  46.03 
 
 		 560 aa  498  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  48.12 
 
 		 555 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  48.12 
 
 		 555 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  48.41 
 
 		 555 aa  498  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  48.12 
 
 		 555 aa  497  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  44.67 
 
 		 560 aa  498  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  47.16 
 
 		 563 aa  496  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  45.6 
 
 		 597 aa  493  9.999999999999999e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 		 564 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  48.34 
 
 		 555 aa  491  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  45.64 
 
 		 558 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  45.66 
 
 		 569 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  43.81 
 
 		 555 aa  485  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  46.36 
 
 		 563 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 558 aa  488  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 558 aa  488  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  46.36 
 
 		 563 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  46.13 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  43.08 
 
 		 589 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  47.27 
 
 		 555 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  43.73 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  43.53 
 
 		 564 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  45.52 
 
 		 575 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  47.39 
 
 		 720 aa  488  1e-136  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  43.73 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  45.5 
 
 		 569 aa  487  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  43.9 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  44.3 
 
 		 571 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  43.9 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 		 570 aa  485  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  48.16 
 
 		 504 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  44.14 
 
 		 566 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>