More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1176 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 644 aa  1291    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  62.65 
 
 		 599 aa  779    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  58.57 
 
 		 591 aa  700    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  63.37 
 
 		 595 aa  781    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  62.37 
 
 		 598 aa  743    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  55.69 
 
 		 611 aa  688    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  58.77 
 
 		 586 aa  716    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  61.94 
 
 		 606 aa  756    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  57.68 
 
 		 619 aa  711    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  58.57 
 
 		 630 aa  734    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  46.82 
 
 		 588 aa  574  1.0000000000000001e-162  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  47.42 
 
 		 592 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  47.35 
 
 		 591 aa  571  1e-161  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  47.27 
 
 		 589 aa  566  1e-160  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  47.07 
 
 		 592 aa  568  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  48.93 
 
 		 720 aa  567  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  46.71 
 
 		 591 aa  566  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  47.54 
 
 		 586 aa  553  1e-156  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  43.47 
 
 		 596 aa  479  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  43.88 
 
 		 573 aa  473  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  41.04 
 
 		 577 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  46.3 
 
 		 570 aa  465  1e-129  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  41.19 
 
 		 570 aa  463  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  42.14 
 
 		 604 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  42.67 
 
 		 557 aa  460  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  40.68 
 
 		 577 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  39.64 
 
 		 593 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  44.22 
 
 		 584 aa  458  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  42.31 
 
 		 575 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  41.08 
 
 		 584 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  43.45 
 
 		 584 aa  451  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  42.21 
 
 		 609 aa  449  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  40.61 
 
 		 579 aa  451  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  39.31 
 
 		 574 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  43.23 
 
 		 568 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.23 
 
 		 568 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  45.74 
 
 		 586 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.23 
 
 		 568 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  43.03 
 
 		 578 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  42.25 
 
 		 574 aa  431  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  41 
 
 		 573 aa  419  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  40.27 
 
 		 558 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  38.12 
 
 		 569 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  38.12 
 
 		 569 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  38.18 
 
 		 568 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  38.05 
 
 		 557 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  41.92 
 
 		 562 aa  414  1e-114  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  38.18 
 
 		 568 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  38.78 
 
 		 561 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  37.93 
 
 		 589 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 570 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  40.72 
 
 		 562 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 		 562 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  38.68 
 
 		 556 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  40.95 
 
 		 608 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  38.14 
 
 		 559 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  39.35 
 
 		 571 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  37.96 
 
 		 559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  39.35 
 
 		 577 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  36.38 
 
 		 570 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 576 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  37.96 
 
 		 559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  37.13 
 
 		 560 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  37.83 
 
 		 560 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 		 562 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  43.4 
 
 		 558 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 570 aa  405  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  40.26 
 
 		 571 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  37.88 
 
 		 573 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  42.55 
 
 		 561 aa  405  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  38.09 
 
 		 570 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  40.22 
 
 		 564 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  37.35 
 
 		 560 aa  404  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 576 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 570 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  40.66 
 
 		 557 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  43.4 
 
 		 558 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 576 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 		 576 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  40.37 
 
 		 557 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  36.81 
 
 		 558 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  40.37 
 
 		 597 aa  402  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  40.04 
 
 		 564 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  41.31 
 
 		 567 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  38.18 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  37.87 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  37.59 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  37.73 
 
 		 570 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  37.73 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  37.06 
 
 		 558 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  36.95 
 
 		 560 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>