More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1467 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  73.38 
 
 		 574 aa  865    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 584 aa  1171    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  81.71 
 
 		 584 aa  991    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  61.38 
 
 		 573 aa  739    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  71.87 
 
 		 586 aa  830    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  61.19 
 
 		 573 aa  685    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  57.82 
 
 		 596 aa  667    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  60.42 
 
 		 579 aa  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  81.37 
 
 		 584 aa  988    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  55.51 
 
 		 604 aa  619  1e-176  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  54.42 
 
 		 578 aa  615  1e-175  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  54.71 
 
 		 568 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  54.71 
 
 		 568 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  54.71 
 
 		 568 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  52.03 
 
 		 577 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  54.35 
 
 		 608 aa  577  1.0000000000000001e-163  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  52.04 
 
 		 577 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  51.11 
 
 		 574 aa  571  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  48.5 
 
 		 593 aa  567  1e-160  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 575 aa  567  1e-160  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  50.19 
 
 		 570 aa  549  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  49.72 
 
 		 609 aa  540  9.999999999999999e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  49.13 
 
 		 570 aa  535  1e-151  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  46.46 
 
 		 557 aa  533  1e-150  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  49.43 
 
 		 562 aa  530  1e-149  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  49.42 
 
 		 597 aa  513  1e-144  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  46.84 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  46.84 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  46.84 
 
 		 561 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  46.27 
 
 		 720 aa  498  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  47.2 
 
 		 558 aa  501  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 558 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 558 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 558 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 558 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  44.57 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  45.27 
 
 		 564 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  46.35 
 
 		 559 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  46.03 
 
 		 570 aa  490  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  46.64 
 
 		 571 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  46.59 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 559 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  46.81 
 
 		 560 aa  488  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  46.58 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  45.99 
 
 		 571 aa  486  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  45.55 
 
 		 558 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  47.27 
 
 		 569 aa  488  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  46.59 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  47.45 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 559 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  46.41 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  46.91 
 
 		 559 aa  485  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  44.91 
 
 		 564 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  45.37 
 
 		 567 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  47.58 
 
 		 556 aa  482  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 562 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  45.81 
 
 		 573 aa  482  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  45.49 
 
 		 567 aa  484  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  46.41 
 
 		 555 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  46.35 
 
 		 560 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  45.68 
 
 		 569 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  45.68 
 
 		 569 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  47.07 
 
 		 555 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  46.78 
 
 		 555 aa  483  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  47.58 
 
 		 556 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  45.57 
 
 		 560 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 		 562 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  47.09 
 
 		 557 aa  485  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 562 aa  481  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  47.33 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  44.99 
 
 		 557 aa  481  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  44.82 
 
 		 571 aa  480  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  45.57 
 
 		 558 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  43.58 
 
 		 560 aa  480  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  44.72 
 
 		 565 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 566 aa  481  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  45.03 
 
 		 558 aa  479  1e-134  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  46.68 
 
 		 557 aa  481  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  46.22 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  44.68 
 
 		 560 aa  479  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  46.55 
 
 		 565 aa  481  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  45.77 
 
 		 569 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  47.04 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.07 
 
 		 557 aa  479  1e-134  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>