More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5663 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  58.23 
 
 
599 aa  719    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  58.08 
 
 
611 aa  692    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  57.71 
 
 
586 aa  662    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  58.03 
 
 
619 aa  665    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  76.56 
 
 
598 aa  899    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  62.44 
 
 
644 aa  760    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  57.82 
 
 
591 aa  656    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
595 aa  1206    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  71.53 
 
 
606 aa  860    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  55.29 
 
 
630 aa  637    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  47.63 
 
 
588 aa  570  1e-161  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  51.46 
 
 
720 aa  566  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  50.19 
 
 
591 aa  557  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  49.16 
 
 
592 aa  552  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  49.53 
 
 
592 aa  554  1e-156  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  49.25 
 
 
591 aa  553  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  49.34 
 
 
589 aa  543  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  50.76 
 
 
586 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  43.07 
 
 
596 aa  469  1.0000000000000001e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  45.32 
 
 
579 aa  464  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  44.85 
 
 
573 aa  461  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  43.5 
 
 
604 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 
568 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 
568 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 
568 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 
584 aa  444  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  40.93 
 
 
609 aa  442  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  43.5 
 
 
557 aa  439  9.999999999999999e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  41.12 
 
 
577 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  44.84 
 
 
578 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  42.51 
 
 
574 aa  438  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
577 aa  438  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 
593 aa  436  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  40.43 
 
 
584 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  40.79 
 
 
570 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  43.17 
 
 
570 aa  426  1e-118  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  42.68 
 
 
586 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  40.47 
 
 
574 aa  428  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  40.25 
 
 
584 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  38.92 
 
 
557 aa  421  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  37.92 
 
 
560 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  40.32 
 
 
575 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  40.04 
 
 
558 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  39.73 
 
 
608 aa  409  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  38.56 
 
 
569 aa  411  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  38.56 
 
 
569 aa  411  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  41.07 
 
 
573 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  39.24 
 
 
558 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  40.08 
 
 
557 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  39.24 
 
 
558 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  38.99 
 
 
573 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  38.63 
 
 
556 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  40.97 
 
 
562 aa  405  1e-111  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 
560 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  39.08 
 
 
561 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
561 aa  402  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  40.07 
 
 
597 aa  401  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  39.34 
 
 
558 aa  396  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 
561 aa  396  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  38.36 
 
 
560 aa  395  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  39.58 
 
 
560 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 
559 aa  397  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  39.34 
 
 
558 aa  396  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  38.82 
 
 
561 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 
567 aa  393  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  36.93 
 
 
568 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  36.93 
 
 
568 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  39.72 
 
 
504 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  36.97 
 
 
555 aa  392  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  37.27 
 
 
555 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  35.92 
 
 
589 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  36.8 
 
 
571 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  37.64 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 
555 aa  389  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 
551 aa  389  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
555 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
559 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  38.77 
 
 
575 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  37.5 
 
 
559 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  38.3 
 
 
569 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  37.64 
 
 
555 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  37.64 
 
 
555 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
559 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  37.64 
 
 
555 aa  388  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.91 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
555 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  37.45 
 
 
559 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
573 aa  385  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  38.16 
 
 
562 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  35.92 
 
 
570 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  37.63 
 
 
561 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  38.69 
 
 
555 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
556 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  38.91 
 
 
556 aa  385  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  35.92 
 
 
570 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  38.13 
 
 
569 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  35.92 
 
 
570 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>