More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6619 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  53.56 
 
 		 599 aa  656    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  55.89 
 
 		 644 aa  721    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 630 aa  1276    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  55.29 
 
 		 595 aa  651    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  53.14 
 
 		 606 aa  629  1e-179  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  52.91 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  53.11 
 
 		 598 aa  624  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  48.87 
 
 		 619 aa  602  1.0000000000000001e-171  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  50.43 
 
 		 591 aa  595  1e-169  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  51.13 
 
 		 611 aa  589  1e-167  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 720 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  44.63 
 
 		 591 aa  499  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  44.24 
 
 		 588 aa  498  1e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  44.44 
 
 		 592 aa  497  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  44.24 
 
 		 586 aa  487  1e-136  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  43.39 
 
 		 592 aa  486  1e-136  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  43.39 
 
 		 591 aa  488  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  43.44 
 
 		 589 aa  483  1e-135  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  41.92 
 
 		 557 aa  442  9.999999999999999e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  41.2 
 
 		 596 aa  439  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  42.75 
 
 		 570 aa  438  1e-121  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  44.4 
 
 		 562 aa  421  1e-116  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  40.26 
 
 		 573 aa  412  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 577 aa  413  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  36.54 
 
 		 609 aa  414  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  39.59 
 
 		 577 aa  410  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  42.05 
 
 		 604 aa  410  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  39.49 
 
 		 579 aa  411  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  39.93 
 
 		 561 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  41.34 
 
 		 568 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  41.34 
 
 		 568 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 		 570 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  41.34 
 
 		 568 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  35.32 
 
 		 593 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  41.47 
 
 		 578 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  38.46 
 
 		 574 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  37.95 
 
 		 584 aa  395  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  38.67 
 
 		 575 aa  397  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.7 
 
 		 584 aa  395  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  41.29 
 
 		 586 aa  395  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  41.17 
 
 		 557 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.72 
 
 		 584 aa  393  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  41.95 
 
 		 561 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  38.8 
 
 		 573 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  38.67 
 
 		 560 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  39.54 
 
 		 559 aa  392  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  37.82 
 
 		 574 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  39.41 
 
 		 558 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  40.19 
 
 		 555 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  39.26 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  39.32 
 
 		 589 aa  389  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 561 aa  389  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  39.54 
 
 		 559 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  39.54 
 
 		 559 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  37.97 
 
 		 558 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  38.92 
 
 		 568 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  38.39 
 
 		 561 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  37.9 
 
 		 560 aa  384  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  37.97 
 
 		 558 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  38.57 
 
 		 561 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  40.52 
 
 		 577 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  40.52 
 
 		 571 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  40.52 
 
 		 562 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 564 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  40.32 
 
 		 562 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  37.97 
 
 		 558 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  39.88 
 
 		 555 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  40.32 
 
 		 562 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  39.81 
 
 		 555 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  38.92 
 
 		 568 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  39.1 
 
 		 571 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  38.21 
 
 		 561 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 555 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  40.12 
 
 		 562 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  39.81 
 
 		 555 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  38.21 
 
 		 561 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  38.87 
 
 		 561 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 		 576 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  37.59 
 
 		 562 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 564 aa  382  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  40.73 
 
 		 573 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  38.21 
 
 		 561 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  38.49 
 
 		 566 aa  382  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  37.77 
 
 		 562 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 		 576 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 570 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  38.42 
 
 		 576 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  37.79 
 
 		 558 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  39.81 
 
 		 555 aa  381  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  38.92 
 
 		 555 aa  381  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>