More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1882 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  63.16 
 
 		 574 aa  724    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  61.96 
 
 		 584 aa  731    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 573 aa  1137    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  56.4 
 
 		 573 aa  641    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  58.82 
 
 		 578 aa  656    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  60.89 
 
 		 586 aa  714    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  61.17 
 
 		 584 aa  732    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  59.75 
 
 		 568 aa  668    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  57.22 
 
 		 608 aa  635    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  52.2 
 
 		 577 aa  635    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  56.85 
 
 		 604 aa  662    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  59.75 
 
 		 568 aa  668    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  59.75 
 
 		 568 aa  668    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  59.71 
 
 		 596 aa  707    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  61.42 
 
 		 584 aa  736    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  55.4 
 
 		 579 aa  650    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  52.21 
 
 		 577 aa  629  1e-179  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  51.95 
 
 		 574 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  52.79 
 
 		 593 aa  623  1e-177  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  51.15 
 
 		 575 aa  611  1e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 570 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  52.5 
 
 		 609 aa  595  1e-168  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  47.12 
 
 		 557 aa  545  1e-154  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  51.63 
 
 		 562 aa  546  1e-154  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 560 aa  535  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 560 aa  534  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  48.02 
 
 		 558 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  48.37 
 
 		 553 aa  529  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  47.94 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  48.02 
 
 		 558 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  48.02 
 
 		 558 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  48.02 
 
 		 558 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  47.03 
 
 		 556 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  47.94 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 560 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 556 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 555 aa  526  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  47.74 
 
 		 558 aa  523  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  47.74 
 
 		 558 aa  522  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  49.13 
 
 		 597 aa  523  1e-147  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  48.1 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 555 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 555 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 555 aa  522  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  48.19 
 
 		 557 aa  518  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 555 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  47.6 
 
 		 569 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  46.94 
 
 		 560 aa  519  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 557 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 560 aa  520  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  46.93 
 
 		 570 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  47.83 
 
 		 555 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  46.88 
 
 		 563 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  46.88 
 
 		 563 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  47.02 
 
 		 556 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  46.94 
 
 		 561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  47.05 
 
 		 561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  47.2 
 
 		 556 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  47.94 
 
 		 565 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 559 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 555 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 557 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  46.51 
 
 		 558 aa  516  1.0000000000000001e-145  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  48.56 
 
 		 557 aa  515  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 557 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  46.29 
 
 		 558 aa  512  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  48.7 
 
 		 573 aa  513  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  48.01 
 
 		 555 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  46.43 
 
 		 559 aa  513  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  48.19 
 
 		 555 aa  515  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.39 
 
 		 557 aa  512  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  47.22 
 
 		 563 aa  513  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  46.37 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  47.15 
 
 		 559 aa  511  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  48.59 
 
 		 561 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  48.41 
 
 		 561 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  47.41 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  48.59 
 
 		 561 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 569 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>