More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1618 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_1618  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
532 aa  1046    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1349  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.25 
 
 
543 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.143474  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1337  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.07 
 
 
543 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.32 
 
 
854 aa  355  8.999999999999999e-97  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.58 
 
 
810 aa  348  1e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  32.1 
 
 
573 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  33.4 
 
 
609 aa  242  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  31.7 
 
 
592 aa  241  2e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  31.32 
 
 
592 aa  238  2e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  30.56 
 
 
588 aa  237  4e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  31.06 
 
 
596 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  31.02 
 
 
591 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  31.38 
 
 
720 aa  233  6e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  31.41 
 
 
579 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  30.93 
 
 
557 aa  231  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  30 
 
 
589 aa  230  5e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  29.76 
 
 
562 aa  228  1e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  29.76 
 
 
591 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  31.15 
 
 
811 aa  227  3e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  31.27 
 
 
573 aa  226  6e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  31.14 
 
 
563 aa  226  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  31.57 
 
 
644 aa  226  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  31.14 
 
 
563 aa  225  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  29.57 
 
 
586 aa  224  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  30.48 
 
 
574 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  30.89 
 
 
567 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  31.72 
 
 
570 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  29.96 
 
 
553 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  29.34 
 
 
558 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  29.36 
 
 
557 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  29.74 
 
 
577 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  30.22 
 
 
561 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  30.74 
 
 
597 aa  221  3e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  29.85 
 
 
557 aa  221  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  31.01 
 
 
593 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  30.08 
 
 
611 aa  220  5e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  30.58 
 
 
568 aa  220  6e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  30.58 
 
 
568 aa  220  6e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  30.58 
 
 
568 aa  220  6e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  31.25 
 
 
569 aa  219  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  31.25 
 
 
569 aa  219  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  29.89 
 
 
555 aa  219  7e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  29.79 
 
 
557 aa  219  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  29.47 
 
 
560 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  30.17 
 
 
561 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  29.56 
 
 
555 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  29.28 
 
 
555 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  30.31 
 
 
578 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  32.48 
 
 
573 aa  217  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  34.64 
 
 
584 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  32.06 
 
 
557 aa  216  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  31.93 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  30.8 
 
 
570 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  30.88 
 
 
574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  29.23 
 
 
555 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  28.68 
 
 
568 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  28.68 
 
 
568 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  29.89 
 
 
555 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  29.64 
 
 
555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  30.15 
 
 
575 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  29.64 
 
 
555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  29.64 
 
 
555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  29.64 
 
 
555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  32.35 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  30.71 
 
 
559 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  31.88 
 
 
565 aa  213  5.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  29.63 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  29.57 
 
 
558 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  29.57 
 
 
558 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  29.57 
 
 
558 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  29.57 
 
 
558 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  31.69 
 
 
557 aa  212  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  29.46 
 
 
558 aa  211  2e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  31.64 
 
 
561 aa  211  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  31.49 
 
 
557 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  29.11 
 
 
559 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  29.11 
 
 
559 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  33.91 
 
 
586 aa  210  4e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  28.73 
 
 
573 aa  210  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  30.06 
 
 
555 aa  210  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  29.9 
 
 
560 aa  210  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  30.2 
 
 
586 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>