More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1349 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_1349  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
543 aa  1051    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.143474  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1337  RNA-binding S1 domain-containing protein  93.74 
 
 
543 aa  998    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.26 
 
 
810 aa  398  1e-109  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.31 
 
 
854 aa  355  7.999999999999999e-97  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1618  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.36 
 
 
532 aa  338  1.9999999999999998e-91  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  33.63 
 
 
609 aa  280  6e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  33.27 
 
 
811 aa  274  3e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  34.04 
 
 
611 aa  270  5.9999999999999995e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  32.23 
 
 
579 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  32.44 
 
 
599 aa  258  2e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  31.08 
 
 
644 aa  256  8e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  34.23 
 
 
720 aa  256  9e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  31.71 
 
 
593 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  31.56 
 
 
577 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  32.89 
 
 
588 aa  254  3e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 
577 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  31.98 
 
 
591 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  31.7 
 
 
619 aa  248  3e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  31.18 
 
 
604 aa  247  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  31.83 
 
 
592 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  31.25 
 
 
574 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  34.26 
 
 
598 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  31.96 
 
 
575 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  30.46 
 
 
570 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  31.83 
 
 
592 aa  243  7e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  35.05 
 
 
558 aa  243  7e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  30.52 
 
 
606 aa  242  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  29.56 
 
 
596 aa  242  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  32.03 
 
 
574 aa  240  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0694  RNA binding S1 domain protein  32.9 
 
 
554 aa  239  5.999999999999999e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  31.51 
 
 
589 aa  239  8e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  30.63 
 
 
573 aa  239  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  32.55 
 
 
597 aa  239  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  31.89 
 
 
586 aa  238  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  32.32 
 
 
586 aa  237  4e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  31.29 
 
 
584 aa  236  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  32.63 
 
 
586 aa  236  7e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  31.39 
 
 
591 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  31.62 
 
 
570 aa  231  3e-59  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  31.24 
 
 
557 aa  231  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  30.87 
 
 
584 aa  230  5e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  32.55 
 
 
591 aa  229  7e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  34.87 
 
 
587 aa  229  7e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  30.99 
 
 
573 aa  229  8e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  30.34 
 
 
630 aa  229  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  30.87 
 
 
584 aa  228  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1379  RNA binding S1 domain protein  30.73 
 
 
552 aa  225  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566824  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  30.84 
 
 
555 aa  224  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  31.04 
 
 
555 aa  223  7e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  30.97 
 
 
573 aa  223  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  30.86 
 
 
557 aa  223  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  30.63 
 
 
555 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  29.58 
 
 
555 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 
555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 
555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  31.41 
 
 
555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  28.17 
 
 
595 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 
555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  32.17 
 
 
539 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  30.82 
 
 
557 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 
555 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 
555 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0402  30S ribosomal protein S1  31.51 
 
 
567 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  33.56 
 
 
566 aa  220  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  31.21 
 
 
556 aa  219  7e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  32.58 
 
 
547 aa  219  7.999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0617  30S ribosomal protein S1  31.93 
 
 
567 aa  218  2e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  29.76 
 
 
555 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  31.82 
 
 
560 aa  218  2.9999999999999998e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  30.14 
 
 
578 aa  217  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  28.73 
 
 
556 aa  216  9e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  31.29 
 
 
573 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  26.92 
 
 
557 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  30.33 
 
 
568 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  30.33 
 
 
568 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  29.23 
 
 
564 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  30.09 
 
 
608 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  30.33 
 
 
568 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  31.2 
 
 
556 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  31.08 
 
 
558 aa  214  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  28.39 
 
 
598 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  29.11 
 
 
559 aa  214  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  29.03 
 
 
564 aa  214  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  32.81 
 
 
504 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  28.91 
 
 
561 aa  214  4.9999999999999996e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  30.98 
 
 
556 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  29.3 
 
 
569 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  29.3 
 
 
569 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  30.24 
 
 
567 aa  213  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  30.9 
 
 
558 aa  213  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  28.13 
 
 
570 aa  213  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  29.65 
 
 
504 aa  213  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  28.57 
 
 
571 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  29.83 
 
 
589 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  30.17 
 
 
562 aa  211  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>