More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2022 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 472 aa  949    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  49.79 
 
 		 487 aa  482  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  48.95 
 
 		 492 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  48.61 
 
 		 564 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 482 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  44.86 
 
 		 489 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  45.04 
 
 		 402 aa  297  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  44.07 
 
 		 401 aa  286  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 		 559 aa  282  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  37.64 
 
 		 609 aa  282  9e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  37.25 
 
 		 589 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  37.25 
 
 		 571 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  37.25 
 
 		 577 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.07 
 
 		 584 aa  280  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.85 
 
 		 584 aa  280  6e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  37.91 
 
 		 573 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 576 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 576 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  278  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  38.34 
 
 		 547 aa  278  2e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 570 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 576 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 576 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  36.89 
 
 		 579 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  38.5 
 
 		 562 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  38.27 
 
 		 562 aa  276  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  35.51 
 
 		 553 aa  276  8e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 		 561 aa  275  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  38.5 
 
 		 562 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  274  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  37.73 
 
 		 559 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  36.84 
 
 		 559 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  36.89 
 
 		 598 aa  273  4.0000000000000004e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  37.81 
 
 		 564 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  37.81 
 
 		 564 aa  273  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  36.49 
 
 		 567 aa  272  8.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  36.71 
 
 		 556 aa  272  9e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 556 aa  272  9e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 		 555 aa  272  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  36.77 
 
 		 561 aa  272  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  35.37 
 
 		 573 aa  272  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  272  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 555 aa  272  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.49 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.68 
 
 		 720 aa  271  2e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 557 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  35.29 
 
 		 561 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  35.51 
 
 		 561 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 569 aa  270  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 569 aa  270  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 		 558 aa  270  4e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  36.63 
 
 		 557 aa  270  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  35.51 
 
 		 561 aa  270  5e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  36.63 
 
 		 558 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  36.55 
 
 		 563 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  36.55 
 
 		 563 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.67 
 
 		 596 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 		 555 aa  269  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  35.08 
 
 		 593 aa  269  8e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 		 558 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 		 558 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  36.4 
 
 		 558 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 562 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  35.28 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 560 aa  268  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  35.28 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  35.31 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 559 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 559 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 		 555 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  36.32 
 
 		 560 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  34.4 
 
 		 566 aa  266  5e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  33.86 
 
 		 577 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  33.92 
 
 		 644 aa  266  7e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  34.83 
 
 		 560 aa  266  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 		 555 aa  266  7e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 		 562 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  35.28 
 
 		 560 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  35.03 
 
 		 560 aa  265  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 555 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  35.31 
 
 		 584 aa  265  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 		 619 aa  264  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 		 561 aa  265  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>