More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0206 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  81.36 
 
 
569 aa  937    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  64.74 
 
 
575 aa  726    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  81.6 
 
 
577 aa  960    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  74.17 
 
 
569 aa  854    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  67.78 
 
 
569 aa  761    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  75.62 
 
 
566 aa  857    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  71.38 
 
 
566 aa  838    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  79.97 
 
 
582 aa  929    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  80.67 
 
 
570 aa  932    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
567 aa  1140    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  81.36 
 
 
569 aa  936    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  67.75 
 
 
561 aa  775    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  83.69 
 
 
571 aa  970    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  94.12 
 
 
569 aa  1072    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  75.62 
 
 
566 aa  857    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  69.27 
 
 
558 aa  798    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  65.06 
 
 
573 aa  759    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  81.61 
 
 
570 aa  941    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  94.49 
 
 
565 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  70.34 
 
 
566 aa  778    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  68.06 
 
 
561 aa  779    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  67.27 
 
 
558 aa  767    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  94.49 
 
 
565 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  93.78 
 
 
565 aa  1076    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  94.49 
 
 
565 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  97.35 
 
 
566 aa  1118    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4030  30S ribosomal protein S1  74.78 
 
 
567 aa  837    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  64.39 
 
 
571 aa  751    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  74.11 
 
 
568 aa  836    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  67.79 
 
 
558 aa  784    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  69.01 
 
 
570 aa  758    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  76.24 
 
 
569 aa  867    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  74.25 
 
 
573 aa  839    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  80.43 
 
 
570 aa  928    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  69.15 
 
 
566 aa  783    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  67.75 
 
 
561 aa  775    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4360  30S ribosomal protein S1  74.64 
 
 
567 aa  837    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294177  hitchhiker  0.00911055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  75.13 
 
 
566 aa  856    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2456  30S ribosomal protein S1  68.32 
 
 
569 aa  775    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358279  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  67.51 
 
 
571 aa  782    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  80.43 
 
 
570 aa  927    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  56.37 
 
 
570 aa  608  1e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  49.21 
 
 
570 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  49.21 
 
 
589 aa  561  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  49.21 
 
 
576 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  49.38 
 
 
570 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  47.89 
 
 
569 aa  560  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  47.89 
 
 
569 aa  560  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  49.38 
 
 
576 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  49.38 
 
 
570 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  49.21 
 
 
576 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  49.38 
 
 
576 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 
570 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  50.83 
 
 
577 aa  558  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  50.83 
 
 
571 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  49.82 
 
 
559 aa  551  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  47.86 
 
 
562 aa  549  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  49.37 
 
 
567 aa  548  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
558 aa  549  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  47.86 
 
 
562 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  48.04 
 
 
562 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  48.82 
 
 
558 aa  547  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  48.91 
 
 
556 aa  545  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  48.73 
 
 
556 aa  544  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 
564 aa  542  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  47.36 
 
 
571 aa  542  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 
564 aa  544  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  48.83 
 
 
561 aa  543  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  47.91 
 
 
556 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  48.48 
 
 
562 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  48.39 
 
 
561 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  48 
 
 
559 aa  538  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  48.14 
 
 
555 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  47.66 
 
 
571 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  48.48 
 
 
562 aa  539  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  47.82 
 
 
559 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 
557 aa  537  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  46.89 
 
 
557 aa  536  1e-151  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 
561 aa  537  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  48.65 
 
 
566 aa  536  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  47.85 
 
 
557 aa  537  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 
557 aa  538  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 
561 aa  538  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  48.6 
 
 
555 aa  536  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  47.82 
 
 
559 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  48.78 
 
 
555 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  47.76 
 
 
561 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  48.21 
 
 
555 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  47.47 
 
 
561 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  48.22 
 
 
555 aa  535  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  47.3 
 
 
560 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 
555 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  47.67 
 
 
555 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>