More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_3130 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 240 aa  487  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  61.67 
 
 		 241 aa  293  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  58.15 
 
 		 240 aa  261  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  54.59 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 238 aa  242  5e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  48.33 
 
 		 240 aa  236  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  47.16 
 
 		 239 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  47.83 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  45.73 
 
 		 238 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  43.55 
 
 		 249 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  48.26 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  45.02 
 
 		 248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 		 251 aa  215  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  45.69 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  45.49 
 
 		 238 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  43.1 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  34.67 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 		 246 aa  122  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.32 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.77 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.69 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.42 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.69 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.69 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.69 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.18 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.66 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.33 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.77 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.33 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.66 
 
 		 200 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.96 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.16 
 
 		 200 aa  92.4  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  32.08 
 
 		 236 aa  92.4  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  38.2 
 
 		 200 aa  92  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.57 
 
 		 200 aa  89.7  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.39 
 
 		 236 aa  89.7  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.02 
 
 		 200 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.33 
 
 		 206 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.02 
 
 		 203 aa  88.2  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.37 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  33.73 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.63 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  35.36 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.36 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.83 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.04 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  35.23 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.71 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  32.76 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.21 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  25.81 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  28.26 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  30.05 
 
 		 707 aa  65.5  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.4 
 
 		 578 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.49 
 
 		 769 aa  65.5  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 		 719 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.65 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.32 
 
 		 722 aa  62.8  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  30.41 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.44 
 
 		 232 aa  62  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  25.57 
 
 		 222 aa  62  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.73 
 
 		 1362 aa  62  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.08 
 
 		 184 aa  62  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  29.55 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.04 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 595 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  29.95 
 
 		 729 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  31.94 
 
 		 616 aa  60.8  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 		 721 aa  60.1  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.32 
 
 		 1367 aa  60.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.32 
 
 		 1367 aa  60.5  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.03 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  26.49 
 
 		 1388 aa  60.1  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  24.63 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 479 aa  58.9  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.35 
 
 		 1390 aa  58.9  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  23.26 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.46 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.65 
 
 		 1442 aa  58.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.47 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.14 
 
 		 187 aa  58.2  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 		 731 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.96 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  34 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.02 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  28.42 
 
 		 719 aa  57  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.11 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.39 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  24.88 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>