More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0451 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
216 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  87.96 
 
 
216 aa  374  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  66.51 
 
 
212 aa  279  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  60.85 
 
 
220 aa  270  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  63.03 
 
 
218 aa  264  7e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  56.19 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.04 
 
 
203 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.25 
 
 
203 aa  209  3e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  49.51 
 
 
222 aa  208  6e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  47.52 
 
 
207 aa  200  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  44.71 
 
 
205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  47.37 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  48.44 
 
 
223 aa  184  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  45.15 
 
 
223 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  40.8 
 
 
209 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  40.3 
 
 
210 aa  151  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  36.1 
 
 
201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  35.12 
 
 
203 aa  142  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  39.38 
 
 
209 aa  142  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  39.5 
 
 
210 aa  142  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  40.54 
 
 
208 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  42.53 
 
 
208 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  33.66 
 
 
203 aa  129  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  40.23 
 
 
205 aa  121  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
238 aa  99  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 
244 aa  94  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
205 aa  92.4  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
236 aa  91.3  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  30.81 
 
 
251 aa  79  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  30.91 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.9 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
719 aa  73.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.43 
 
 
236 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  24.26 
 
 
249 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 
236 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  25.99 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  28.44 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  29.51 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  23.04 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  26.59 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
729 aa  68.2  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  27.65 
 
 
236 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  30.77 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  28.49 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.07 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
238 aa  67.8  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 
238 aa  67.4  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 
930 aa  66.6  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
706 aa  66.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
769 aa  65.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 
934 aa  65.5  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  33.94 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.72 
 
 
200 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.9 
 
 
213 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.59 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.32 
 
 
184 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.98 
 
 
1367 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.98 
 
 
1367 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.05 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.32 
 
 
184 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25.28 
 
 
250 aa  63.2  0.000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  21.51 
 
 
248 aa  63.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.98 
 
 
226 aa  62.8  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  33.33 
 
 
237 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.65 
 
 
927 aa  62.4  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
479 aa  62.4  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  34.69 
 
 
714 aa  62  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
719 aa  61.6  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.15 
 
 
207 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
498 aa  61.6  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.15 
 
 
207 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  29.5 
 
 
200 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  27.38 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
232 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.35 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 
209 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
231 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  26.03 
 
 
240 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.78 
 
 
180 aa  60.5  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  28.76 
 
 
236 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  26.32 
 
 
238 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.5 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
231 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.81 
 
 
1390 aa  60.1  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  33.62 
 
 
616 aa  59.7  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.78 
 
 
1388 aa  59.3  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.37 
 
 
228 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.16 
 
 
198 aa  59.7  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>