229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2832 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 210 aa  431  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  61.84 
 
 		 209 aa  261  4.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  61.35 
 
 		 210 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  60.39 
 
 		 209 aa  251  6e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  42.71 
 
 		 205 aa  171  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  38.57 
 
 		 222 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  40.2 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  39.57 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  38.5 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.31 
 
 		 203 aa  151  5e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  38.27 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  36.19 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  41.27 
 
 		 216 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  36.73 
 
 		 208 aa  144  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  39.5 
 
 		 216 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.76 
 
 		 203 aa  142  5e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  35.86 
 
 		 218 aa  142  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  35.5 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  38.55 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  34.22 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  34.39 
 
 		 223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 		 203 aa  112  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  34.01 
 
 		 201 aa  107  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  30.5 
 
 		 203 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.91 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.06 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.62 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.16 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.86 
 
 		 205 aa  72  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.14 
 
 		 921 aa  70.9  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  29.81 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  28.14 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  22.62 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.14 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.94 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0826  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.458335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0904  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 		 498 aa  63.9  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0637  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1023  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0778  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.22 
 
 		 952 aa  62.4  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0716  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.56 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.700864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.35 
 
 		 927 aa  62  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.57 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  26.15 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0966  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.57 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  25.82 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  26.99 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.98 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  26.71 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  25.64 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  24.86 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.86 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 		 729 aa  57  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  24.4 
 
 		 707 aa  56.6  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.29 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  26.6 
 
 		 714 aa  56.2  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.86 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  20.47 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 934 aa  55.8  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.86 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 		 300 aa  55.1  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.72 
 
 		 231 aa  54.3  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.38 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.29 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.94 
 
 		 187 aa  54.7  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1367 aa  53.9  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.29 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.97 
 
 		 1432 aa  53.5  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1367 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.81 
 
 		 238 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.29 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.89 
 
 		 233 aa  52.8  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.53 
 
 		 232 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  23.2 
 
 		 228 aa  53.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  26.67 
 
 		 870 aa  52.8  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  23.2 
 
 		 233 aa  52.8  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.35 
 
 		 930 aa  52.8  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  23.17 
 
 		 236 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  20 
 
 		 198 aa  52  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>