More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0303 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  84.42 
 
 
231 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  84.05 
 
 
231 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.02 
 
 
239 aa  381  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.35 
 
 
232 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.95 
 
 
231 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.85 
 
 
239 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.95 
 
 
240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.08 
 
 
236 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  58.85 
 
 
230 aa  274  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  60 
 
 
228 aa  268  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.26 
 
 
230 aa  262  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.74 
 
 
235 aa  261  6e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.6 
 
 
238 aa  258  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.22 
 
 
237 aa  257  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.52 
 
 
239 aa  254  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.04 
 
 
231 aa  254  8e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.65 
 
 
236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  55.98 
 
 
234 aa  252  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.65 
 
 
241 aa  252  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  55.98 
 
 
234 aa  252  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.9 
 
 
238 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.78 
 
 
229 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  57.78 
 
 
229 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.22 
 
 
236 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  54.85 
 
 
231 aa  248  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.65 
 
 
231 aa  246  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.14 
 
 
230 aa  244  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.62 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.62 
 
 
240 aa  241  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  53.5 
 
 
242 aa  241  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  50.83 
 
 
245 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.63 
 
 
238 aa  238  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
240 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  51.68 
 
 
236 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  52.28 
 
 
242 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.79 
 
 
230 aa  228  5e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.95 
 
 
236 aa  227  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.99 
 
 
234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  50.43 
 
 
238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.77 
 
 
243 aa  215  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.88 
 
 
225 aa  215  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.02 
 
 
231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.09 
 
 
231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.33 
 
 
238 aa  212  4.9999999999999996e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.78 
 
 
236 aa  211  7.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.21 
 
 
236 aa  210  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  47.46 
 
 
246 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.98 
 
 
234 aa  209  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  43.61 
 
 
233 aa  208  5e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  43.29 
 
 
233 aa  208  5e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
239 aa  207  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.87 
 
 
235 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.28 
 
 
239 aa  207  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.69 
 
 
239 aa  207  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.97 
 
 
238 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.58 
 
 
257 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.99 
 
 
248 aa  205  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.99 
 
 
248 aa  205  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
237 aa  205  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.01 
 
 
237 aa  204  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  51 
 
 
235 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.9 
 
 
253 aa  202  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.22 
 
 
241 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  45.61 
 
 
245 aa  201  6e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.17 
 
 
267 aa  201  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.94 
 
 
243 aa  201  7e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  45.97 
 
 
252 aa  201  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.09 
 
 
243 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  46.5 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  48.85 
 
 
244 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  47.21 
 
 
240 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.14 
 
 
243 aa  199  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  49.79 
 
 
244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.78 
 
 
237 aa  198  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.85 
 
 
231 aa  198  6e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  51.49 
 
 
252 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  46.41 
 
 
245 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  52.36 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  54.24 
 
 
244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  54.24 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  46.41 
 
 
244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  47.26 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  47.28 
 
 
252 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  47.28 
 
 
246 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  46.41 
 
 
245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.26 
 
 
234 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.98 
 
 
237 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.67 
 
 
240 aa  195  5.000000000000001e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  47.28 
 
 
246 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  44.92 
 
 
246 aa  195  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>