More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0089 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  100 
 
 
233 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.37 
 
 
233 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  45.41 
 
 
233 aa  152  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.39 
 
 
235 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  43.72 
 
 
236 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.65 
 
 
236 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.25 
 
 
236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.19 
 
 
236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  40.1 
 
 
237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  40.1 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.96 
 
 
236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  37.07 
 
 
235 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.27 
 
 
213 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.59 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.5 
 
 
205 aa  109  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.39 
 
 
236 aa  103  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.2 
 
 
209 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.63 
 
 
232 aa  98.6  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
232 aa  95.1  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  30.23 
 
 
205 aa  95.1  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  24.62 
 
 
207 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 
203 aa  89.4  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.02 
 
 
203 aa  87  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.97 
 
 
233 aa  86.3  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  34.24 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.82 
 
 
238 aa  82  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.87 
 
 
1367 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.87 
 
 
1367 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  34.05 
 
 
616 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1636  hypothetical protein  30.5 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696644  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.14 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  30.73 
 
 
1426 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.62 
 
 
223 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  23.36 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  28.4 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.82 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  26.63 
 
 
220 aa  71.6  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  27.31 
 
 
209 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.96 
 
 
206 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.07 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
201 aa  70.5  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  27.27 
 
 
209 aa  70.1  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  28.02 
 
 
212 aa  70.1  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  26.64 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 
659 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  24.58 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.37 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.26 
 
 
207 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  26.03 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 
218 aa  68.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  31.66 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.24 
 
 
198 aa  67.8  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  26.24 
 
 
249 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
216 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.83 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  22.62 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  26.01 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  34.32 
 
 
170 aa  67  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 
706 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  31.61 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  29.74 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.81 
 
 
1390 aa  65.9  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
229 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.73 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  24.14 
 
 
218 aa  65.9  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
769 aa  65.5  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.11 
 
 
721 aa  65.5  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.61 
 
 
722 aa  65.5  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.15 
 
 
719 aa  65.1  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 
731 aa  65.1  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  31.4 
 
 
180 aa  64.7  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.07 
 
 
213 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.37 
 
 
1433 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.1 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  28.64 
 
 
729 aa  64.3  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.65 
 
 
719 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  27.81 
 
 
707 aa  63.2  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.38 
 
 
714 aa  62.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.4 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2465  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.99 
 
 
218 aa  62.4  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.47 
 
 
864 aa  62  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.4 
 
 
228 aa  62  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  33.54 
 
 
228 aa  62  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  30.06 
 
 
1365 aa  61.6  0.000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.57 
 
 
1440 aa  61.6  0.000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.4 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.4 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.34 
 
 
1402 aa  61.2  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  28.49 
 
 
359 aa  61.2  0.00000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
498 aa  61.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
200 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>