More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2322 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
238 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  72.69 
 
 
238 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  69.49 
 
 
238 aa  351  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  73.11 
 
 
238 aa  340  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  57.98 
 
 
239 aa  269  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  54.62 
 
 
239 aa  257  9e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  52.47 
 
 
249 aa  251  7e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  50.22 
 
 
239 aa  241  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  48.07 
 
 
235 aa  238  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  48.44 
 
 
248 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 
240 aa  228  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  45.69 
 
 
240 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  46.7 
 
 
241 aa  211  7.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  46.02 
 
 
240 aa  209  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  45.18 
 
 
251 aa  209  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 
236 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  41.48 
 
 
236 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40 
 
 
230 aa  135  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  35.52 
 
 
228 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.94 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  36.14 
 
 
236 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.31 
 
 
226 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.86 
 
 
228 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.84 
 
 
228 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.68 
 
 
200 aa  98.2  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.83 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.37 
 
 
228 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.37 
 
 
228 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.37 
 
 
228 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.1 
 
 
200 aa  97.1  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.23 
 
 
229 aa  96.3  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.41 
 
 
236 aa  94.7  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
228 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 
200 aa  92.4  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.33 
 
 
228 aa  92  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
232 aa  89.7  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.86 
 
 
228 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
233 aa  86.7  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.49 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  34.5 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.97 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.95 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.8 
 
 
224 aa  79  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.64 
 
 
200 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 
203 aa  77  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  32.37 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.77 
 
 
213 aa  76.3  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.79 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.21 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 
207 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.17 
 
 
233 aa  72  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.91 
 
 
220 aa  71.6  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  29.71 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
212 aa  68.9  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.59 
 
 
216 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.49 
 
 
216 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.85 
 
 
1390 aa  67.8  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.67 
 
 
238 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.57 
 
 
578 aa  66.6  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.84 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
184 aa  63.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.65 
 
 
234 aa  63.2  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 
722 aa  63.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 
187 aa  63.5  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  28.81 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.43 
 
 
1435 aa  62.8  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  27.42 
 
 
1397 aa  62.4  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
240 aa  62  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.42 
 
 
595 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
186 aa  61.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  26.15 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.86 
 
 
203 aa  60.8  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.33 
 
 
222 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
186 aa  60.8  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.43 
 
 
203 aa  60.1  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.47 
 
 
234 aa  59.7  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  24.18 
 
 
217 aa  59.7  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  25.73 
 
 
218 aa  59.3  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  27.17 
 
 
590 aa  58.9  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  24.12 
 
 
203 aa  58.9  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 
242 aa  58.5  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  24.71 
 
 
201 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.62 
 
 
236 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.2 
 
 
232 aa  58.2  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
769 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.4 
 
 
695 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  24.31 
 
 
1362 aa  57.4  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.33 
 
 
237 aa  57.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.97 
 
 
1426 aa  56.6  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  23.84 
 
 
218 aa  57  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.99 
 
 
220 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  26.9 
 
 
209 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  27.47 
 
 
613 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
721 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.18 
 
 
584 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>