More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1525 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  100 
 
 
228 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.44 
 
 
226 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.1 
 
 
228 aa  227  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.87 
 
 
229 aa  226  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.03 
 
 
228 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.03 
 
 
228 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.03 
 
 
228 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.55 
 
 
228 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.36 
 
 
228 aa  214  9e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.85 
 
 
228 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  50.91 
 
 
228 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52 
 
 
226 aa  210  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  55.25 
 
 
223 aa  209  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.93 
 
 
228 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  48.5 
 
 
228 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  58.56 
 
 
181 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.28 
 
 
230 aa  144  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.51 
 
 
246 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  37.1 
 
 
251 aa  121  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  38.64 
 
 
236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  38.33 
 
 
249 aa  118  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.11 
 
 
220 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  36.6 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  31.93 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  39.11 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  36.11 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.5 
 
 
232 aa  108  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.76 
 
 
233 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  32.6 
 
 
239 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  37.23 
 
 
236 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  36.98 
 
 
241 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  34.38 
 
 
240 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.57 
 
 
236 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
236 aa  102  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  35.57 
 
 
240 aa  102  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  33.52 
 
 
238 aa  99  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  34.74 
 
 
240 aa  98.6  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  37.43 
 
 
226 aa  98.6  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.92 
 
 
200 aa  96.7  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.95 
 
 
200 aa  96.3  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  32.46 
 
 
238 aa  95.9  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  36.46 
 
 
200 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  34.72 
 
 
238 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.45 
 
 
224 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.46 
 
 
228 aa  92.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.94 
 
 
200 aa  91.7  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
213 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.16 
 
 
200 aa  88.6  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  32.98 
 
 
238 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
239 aa  87  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.96 
 
 
203 aa  84.3  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 
203 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.67 
 
 
206 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.64 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
233 aa  82  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  34.64 
 
 
207 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.99 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 
238 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  33.84 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  32.57 
 
 
584 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.41 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.76 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.76 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.4 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  32.11 
 
 
590 aa  73.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  29.65 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.36 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  29.34 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.71 
 
 
187 aa  69.7  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  34.94 
 
 
233 aa  69.3  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
233 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  27.66 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.67 
 
 
595 aa  68.6  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
236 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 
233 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  32.53 
 
 
218 aa  66.2  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.7 
 
 
1433 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.73 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.15 
 
 
405 aa  66.2  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.67 
 
 
1390 aa  65.5  0.0000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  25.82 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
236 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 
209 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
328 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  28.92 
 
 
719 aa  63.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.16 
 
 
209 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.6 
 
 
574 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.7 
 
 
1426 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
218 aa  63.5  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
205 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  29.95 
 
 
613 aa  62.8  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  30.12 
 
 
205 aa  62.4  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
203 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  26.29 
 
 
217 aa  61.6  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>