More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1867 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
246 aa  491  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  36.44 
 
 
228 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  43.04 
 
 
230 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.24 
 
 
228 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  34.71 
 
 
251 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.22 
 
 
226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.56 
 
 
226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.2 
 
 
228 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.2 
 
 
228 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.2 
 
 
228 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.96 
 
 
228 aa  122  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
240 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.22 
 
 
236 aa  122  7e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.31 
 
 
229 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.69 
 
 
228 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  45.62 
 
 
228 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  38.73 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  34.74 
 
 
236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.68 
 
 
228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.68 
 
 
228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.19 
 
 
228 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.7 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.04 
 
 
228 aa  112  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  35.24 
 
 
249 aa  112  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.7 
 
 
223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  38.14 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  33.77 
 
 
240 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  33.18 
 
 
239 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  36.82 
 
 
241 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  36.76 
 
 
235 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 
233 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.83 
 
 
224 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  35.57 
 
 
248 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  42.21 
 
 
181 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.29 
 
 
220 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  31.71 
 
 
236 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  33.49 
 
 
239 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 
232 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
238 aa  100  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  33.18 
 
 
239 aa  99.4  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 
238 aa  98.6  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.5 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  33.83 
 
 
238 aa  97.1  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  34.55 
 
 
226 aa  95.1  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.23 
 
 
200 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  39.23 
 
 
200 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.57 
 
 
233 aa  90.5  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.67 
 
 
200 aa  89.7  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.02 
 
 
200 aa  88.6  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.05 
 
 
213 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
238 aa  86.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
205 aa  84.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  29.63 
 
 
216 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
218 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.78 
 
 
232 aa  83.6  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.8 
 
 
578 aa  82.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  37.04 
 
 
584 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  34.88 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.02 
 
 
631 aa  80.1  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  36.72 
 
 
574 aa  79.7  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  26.35 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.1 
 
 
206 aa  79.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.52 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.04 
 
 
609 aa  77.8  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.57 
 
 
200 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.42 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  30.1 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  33.51 
 
 
570 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  34.04 
 
 
590 aa  76.6  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  35.52 
 
 
207 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 
721 aa  76.6  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  34.08 
 
 
574 aa  76.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.71 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.6 
 
 
605 aa  75.5  0.0000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
203 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  35.8 
 
 
613 aa  73.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
205 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.51 
 
 
595 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  34.09 
 
 
566 aa  72  0.000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 
731 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.21 
 
 
200 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.86 
 
 
238 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.27 
 
 
187 aa  70.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 
1433 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
595 aa  69.7  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.16 
 
 
584 aa  70.1  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  30.64 
 
 
218 aa  69.7  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31 
 
 
603 aa  68.9  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.74 
 
 
1465 aa  69.3  0.00000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  26.4 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.16 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  33 
 
 
601 aa  68.6  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.38 
 
 
1442 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.44 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
722 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  28.49 
 
 
209 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>