More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0968 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
238 aa  489  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  81.93 
 
 
238 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  72.69 
 
 
238 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  67.52 
 
 
238 aa  337  7e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  59.83 
 
 
239 aa  280  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  55.46 
 
 
239 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  51.12 
 
 
249 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  48.9 
 
 
235 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  48.68 
 
 
239 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  47.79 
 
 
248 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  46.26 
 
 
241 aa  223  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  48.25 
 
 
240 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  46.35 
 
 
240 aa  220  9.999999999999999e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  45.73 
 
 
240 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  47.48 
 
 
236 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  46.03 
 
 
251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  42.41 
 
 
236 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
230 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  35.52 
 
 
228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.63 
 
 
228 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 
228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.74 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.74 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.13 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.05 
 
 
236 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.88 
 
 
226 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.68 
 
 
228 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.17 
 
 
228 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 
228 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 
239 aa  98.6  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 
246 aa  98.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.31 
 
 
228 aa  97.8  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.09 
 
 
226 aa  95.9  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.8 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.41 
 
 
233 aa  95.1  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 
232 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.68 
 
 
223 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
229 aa  91.3  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.67 
 
 
200 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
233 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  30.17 
 
 
200 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  31.76 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.12 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  31.06 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.47 
 
 
224 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.78 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.9 
 
 
220 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 
200 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.52 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.61 
 
 
200 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.79 
 
 
213 aa  72.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.15 
 
 
200 aa  72  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
695 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.81 
 
 
207 aa  69.3  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.98 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  29.78 
 
 
216 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
236 aa  67.8  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
216 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.82 
 
 
405 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  28.81 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.64 
 
 
1390 aa  67  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.47 
 
 
595 aa  67  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  33.06 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.4 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  27.62 
 
 
578 aa  65.5  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  28.8 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.32 
 
 
238 aa  65.1  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  31.54 
 
 
1442 aa  64.7  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
232 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 
212 aa  64.3  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28.49 
 
 
695 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
695 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  29.12 
 
 
1435 aa  62.8  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.96 
 
 
203 aa  62.4  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.65 
 
 
590 aa  62  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
235 aa  62  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 
234 aa  61.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.32 
 
 
584 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.78 
 
 
186 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
722 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  29.94 
 
 
277 aa  60.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.78 
 
 
186 aa  60.1  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.88 
 
 
239 aa  59.7  0.00000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
184 aa  59.7  0.00000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 
631 aa  59.3  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  28.79 
 
 
242 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.97 
 
 
243 aa  58.9  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 
234 aa  59.3  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
769 aa  58.9  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.74 
 
 
532 aa  58.9  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.58 
 
 
714 aa  58.9  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.82 
 
 
187 aa  58.9  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  29.19 
 
 
1426 aa  58.5  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
231 aa  58.2  0.0000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.92 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.66 
 
 
238 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.89 
 
 
1367 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>