More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1068 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  100 
 
 
277 aa  566  1e-161  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  40.33 
 
 
315 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  40.33 
 
 
315 aa  115  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  39.78 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  39.23 
 
 
315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  39.78 
 
 
315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  39.78 
 
 
315 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  42.5 
 
 
1367 aa  112  5e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  42.5 
 
 
1367 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  39.78 
 
 
315 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  39.23 
 
 
315 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  39.23 
 
 
315 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  39.23 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  37.63 
 
 
299 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  39.89 
 
 
1388 aa  106  5e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  39.26 
 
 
1397 aa  99.4  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.18 
 
 
1527 aa  98.2  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  37.35 
 
 
1465 aa  97.4  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  39.44 
 
 
1426 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  35.93 
 
 
578 aa  95.9  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  39.26 
 
 
1362 aa  95.5  8e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  34.16 
 
 
217 aa  95.5  9e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  33.86 
 
 
1402 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.8 
 
 
1407 aa  94.7  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 
631 aa  93.6  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  33.94 
 
 
603 aa  92.8  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  36.53 
 
 
616 aa  92.8  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  36.05 
 
 
630 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.86 
 
 
205 aa  92.8  6e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  36.05 
 
 
630 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  37.72 
 
 
574 aa  92.4  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  33.94 
 
 
584 aa  92.4  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  35.47 
 
 
630 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.93 
 
 
605 aa  91.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  34.97 
 
 
1365 aa  90.9  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 
610 aa  90.5  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.5 
 
 
570 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  37.13 
 
 
613 aa  90.1  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.15 
 
 
1433 aa  89.7  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  40.8 
 
 
574 aa  89  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  41.67 
 
 
1449 aa  89  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  35.76 
 
 
590 aa  88.6  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  33.92 
 
 
1449 aa  88.6  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  35.62 
 
 
566 aa  88.2  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 
252 aa  87.4  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  35.26 
 
 
584 aa  87.4  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  31.93 
 
 
267 aa  87  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  35.63 
 
 
617 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  35.54 
 
 
1440 aa  86.7  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  31.84 
 
 
645 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.95 
 
 
595 aa  85.9  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.13 
 
 
609 aa  85.9  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 
196 aa  85.5  8e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.91 
 
 
584 aa  85.5  9e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
595 aa  85.5  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  34.52 
 
 
585 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  33.54 
 
 
1390 aa  85.5  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
934 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
934 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
921 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.55 
 
 
722 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.66 
 
 
934 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  34.44 
 
 
551 aa  83.6  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.4 
 
 
578 aa  83.2  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  30.77 
 
 
601 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.86 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
731 aa  82.4  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
231 aa  82  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  32.98 
 
 
1433 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
273 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  33.53 
 
 
601 aa  81.6  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  33.95 
 
 
1421 aa  81.3  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
929 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
934 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.42 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.5 
 
 
930 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0477  DNA polymerase III subunit epsilon  35.71 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.387234  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  35 
 
 
616 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.32 
 
 
921 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
769 aa  79  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.26 
 
 
565 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0502  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  36.31 
 
 
607 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  42 
 
 
560 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 
219 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 
706 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  31.41 
 
 
1433 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  31.52 
 
 
233 aa  77  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.74 
 
 
1442 aa  77  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  30.89 
 
 
970 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 
729 aa  76.6  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  35.56 
 
 
227 aa  76.3  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>